In silico идентификация высокоаффинных лигандов белка gp120 ВИЧ-1 – потенциальных пептидомиметиков нейтрализующего антитела N6

Методами виртуального скрининга и молекулярного моделирования идентифицированы шесть потенциальных пептидомиметиков кросс-реактивного нейтрализующего анти-ВИЧ-1 антитела N6, способных имитировать фармакофорные свойства этого иммуноглобулина путем специфических и эффективных взаимодействий с CD4-связывающим сайтом белка gp120 оболочки вируса. Показано, что ключевую роль в связывании этих соединений с белком gp120 играют ван-дер-ваальсовы взаимодействия с консервативными остатками Phe$^{43}$-полости гликопротеина, критическими для присоединения ВИЧ-1 к клеточному рецептору CD4, а также водородная связь с остатком Asp-368$_{\mathrm{gp}120}$, образование которой увеличивает химическое сродство без активации нежелательного аллостерического эффекта. Согласно данным молекулярной динамики, комплексы обнаруженных лигандов с белком gp120 энергетически стабильны и характеризуются более низкими значениями свободной энергии связывания по сравнению с ингибиторами ВИЧ-1 NBD-11021 и (+)-DMJ-II-121, использованными в расчетах в качестве контрольных соединений. На основе полученных результатов сделан вывод о том, что идентифицированные соединения могут рассматриваться в качестве перспективных кандидатов для проведения детальных экспериментальных исследований с целью их дальнейшего использования в работах по созданию новых противовирусных препаратов – ингибиторов проникновения ВИЧ-1, блокирующих ранние стадии развития ВИЧ-инфекции.