Loading [MathJax]/jax/output/SVG/config.js
Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Математическая биология и биоинформатика, 2018, том 13, выпуск Suppl., страницы t162–t267
DOI: https://doi.org/10.17537/2018.13.t162
(Mi mbb368)
 

Эта публикация цитируется в 10 научных статьях (всего в 10 статьях)

Переводы опубликованных статей

Theoretical and experimental investigations of DNA open states
[Теоретические и экспериментальные исследования открытых состояний ДНК]

A. S. Shigaev, O. A. Ponomarev, V. D. Lakhno

Institute of Mathematical Problems of Biology RAS – the Branch of Keldysh Institute of Applied Mathematics, Russian Academy of Sciences, Pushchino, Russia
Список литературы:
Аннотация: Работа посвящена обзору и анализу литературных данных, касающихся свойств открытых состояний ДНК. Данные состояния возникают вследствие крупных флуктуаций дуплекса и оказывают большое влияние на целый ряд биохимических процессов, в том числе на перенос электрического заряда в ДНК. Проведён сравнительный анализ экспериментальных данных по кинетике и термодинамике открытых состояний ДНК в широком интервале температур. Объяснены противоречия между результатами разных экспериментов. На основе различия термодинамических свойств и других характеристик выделено три типа открытых состояний ДНК, а также дано современное определение термина «открытое состояние». Представлен краткий обзор простых математических моделей ДНК, в большинстве которых состояние каждой пары оснований описывается одной-двумя переменными. Рассмотрены основные проблемы исследования гетерогенной ДНК в рамках подходов данного уровня. Обсуждается роль каждой из групп моделей в интерпретации экспериментальных данных. Особое внимание уделено изучению процессов переноса и локализации энергии колебаний нуклеотидных пар в дуплексе при помощи механических моделей. Показано, что данные процессы играют ключевую роль в динамике гетерогенного дуплекса, а их теоретическое исследование крайне важно для развития современной молекулярной биологии и биофизики. Рассмотрены основные особенности теоретических подходов, благодаря которым удалось описать различные экспериментальные данные. Описаны перспективы развития моделей, предложены конкретные детали оптимизации, а также возможные способы модернизации некоторых экспериментальных методик.
Ключевые слова: модели ДНК, динамика ДНК, перенос энергии, локализация энергии, открытое состояние ДНК, пузырёк денатурации, открывание одиночной пары оснований.
Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 13-07-00331_а
13-07-00256_а
12-07-00279_а
12-07-33006_мол_а_вед
The authors are thankful to the Russian Foundation for Basic Research for support of this work (projects №13-07-00331, №13-07-00256, №12-07- 00279, №12-07-33006).
Материал поступил в редакцию 03.10.2018, опубликован 24.12.2018
Тип публикации: Статья
УДК: 538.9: 577.31
Язык публикации: английский
Образец цитирования: A. S. Shigaev, O. A. Ponomarev, V. D. Lakhno, “Theoretical and experimental investigations of DNA open states”, Матем. биология и биоинформ., 13, Suppl. (2018), t162–t267
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{ShiPonLak18}
\by A.~S.~Shigaev, O.~A.~Ponomarev, V.~D.~Lakhno
\paper Theoretical and experimental investigations of DNA open states
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2018
\vol 13
\pages t162--t267
\issueinfo Suppl.
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb368}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2018.13.t162}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb368
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v13/i3/p162
    Перевод статьи
    Эта публикация цитируется в следующих 10 статьяx:
    1. A.S. Shigaev, V.D. Lakhno, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 10, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 2024  crossref
    2. G.A. Vinogradov, V.D. Lakhno, “On The Thermalization of One-Dimensional Lattices. I. Microcanonical Ensemble”, Math.Biol.Bioinf., 19:1 (2024), 248  crossref
    3. L.V. Yakushevich, L.A. Krasnobaeva, “Trajectories of Solitons Movement in the Potential Field of pPF1 Plasmid with Non-Zero Initial Velocity”, Math.Biol.Bioinf., 19:1 (2024), 232  crossref
    4. Mikhail I. Drobotenko, Alexandr A. Svidlov, Аnna A. Dorohova, Mikhail G. Baryshev, Stepan S. Dzhimak, “Medium viscosity influence on the open states genesis in a DNA molecule”, Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 2023, 1  crossref
    5. Stepan Dzhimak, Alexandr Svidlov, Anna Elkina, Eugeny Gerasimenko, Mikhail Baryshev, Mikhail Drobotenko, “Genesis of Open States Zones in a DNA Molecule Depends on the Localization and Value of the Torque”, IJMS, 23:8 (2022), 4428  crossref
    6. M. Kovaleva, L. Manevitch, “Coupled Schrodinger equations as a model of interchain torsional excitation transport in the DNA model”, Phys. Scr., 96:12 (2021), 125035  crossref  isi
    7. Chevizovich D., Michieletto D., Mvogo A., Zakiryanov F., Zdravkovic S., “A Review on Nonlinear Dna Physics”, R. Soc. Open Sci., 7:11 (2020), 200774  crossref  isi
    8. L. A. Krasnobaeva, L. V. Yakushevich, “The Dynamic and Statistical Properties of DNA Kinks”, BIOPHYSICS, 65:1 (2020), 22  crossref
    9. A. S. Nikityuk, E. A. Korznikova, S. V. Dmitriev, O. B. Neumark, “Бризеры в молекуле ДНК и динамика клетки”, Матем. биология и биоинформ., 14:1 (2019), 137–149  mathnet  crossref
    10. А. Н. Коршунова, В. Д. Лахно, “Два типа осцилляций холстейновского полярона, равномерно движущегося в полинуклеотидной цепочке в постоянном электрическом поле”, Матем. биология и биоинформ., 14:2 (2019), 477–487  mathnet  crossref [A. N. Korshounova, V. D. Lakhno, “Two types of oscillations of the Holstein polaron uniformly moving along a polynucleotide chain in a constant electric field”, Mat. Biolog. Bioinform., 14:2 (2019), 477–487  mathnet]
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:294
    PDF полного текста:149
    Список литературы:45
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2025