Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS


Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти




Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация

Математическая биология и биоинформатика, 2018, том 13, выпуск 1, страницы 13–37
DOI: https://doi.org/10.17537/2018.13.13 (Mi mbb325) 		 
Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

Биоинформатика

Структурированные РНК-маркеры для генотипирования вируса клещевого энцефалита

В. Д. Гусевa, Л. А. Мирошниченкоa, Т. Н. Титковаa, Ю. П. Джиоевb, И. В. Козловаc, А. П. Парамоновc

a Институт математики им. С.Л. Соболева СО РАН, Новосибирск, Россия
b НИИ Биомедицинских технологий Иркутского государственного медицинского университета, Иркутск, Россия
c Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека, Иркутск, Россия
PDF полного текста (856 kB) Список цитирования (1)
Список литературы:
PDF
HTML
DOI: https://doi.org/10.17537/2018.13.13
Аннотация: Клещевой энцефалит относится к числу опасных природно-очаговых инфекций. Возбудителем заболевания является вирус клещевого энцефалита (ВКЭ), переносимый клещами. Различают три основных подтипа ВКЭ с разными клиническими проявлениями болезни, но допускается и возможность существования других подтипов. Эффективность лечения болезни во многом может зависеть от правильной идентификации генотипа ВКЭ. Исчерпывающая информация о генотипе содержится в полной кодирующей последовательности генома ВКЭ. Из неё можно извлечь ограниченное количество маркеров генотипирования в виде относительно коротких структурированных фрагментов РНК. В данной работе сформулирован достаточно общий подход к выделению структурированных РНК-маркеров для генотипирования ВКЭ. Рассматриваются три типа структур: периодичности, фракталоподобные конструкции и компактно локализованные комбинации разнотипных повторов. Обосновывается выбор этих структур для целей генотипирования и возможной их роли в формировании патогенного потенциала вируса. Подход апробирован на полных кодирующих последовательностях ВКЭ (161 штамм). Приведены примеры наиболее характерных маркеров каждого из трех типов.
Ключевые слова: вирус клещевого энцефалита, генотипирование, РНК-маркеры, L-граммный анализ, периодичности, фракталоподобные и комбинированные структуры.
Финансовая поддержка Номер гранта
Сибирское отделение Российской академии наук I.5.1., проект № 0314-2016-0015
Российская академия наук - Федеральное агентство научных организаций I.33П
Исследования выполнены при поддержке программы фундаментальных научных исследований СО РАН № I.5.1., проект № 0314-2016-0015, а также в рамках проекта «Разработка комплекса программного обеспечения для моделирования физико-химических и биологических свойств антигенных эпитопов белков разных генотипов вируса клещевого энцефалита» Программы Президиума РАН №I.33П «Фундаментальные проблемы математического моделирования. Фундаментальные проблемы факторизационных методов в различных областях. Алгоритмы и математическое обеспечение» (Часть «Фундаментальные проблемы математического моделирования»).
Материал поступил в редакцию 22.01.2018, опубликован 16.03.2018
Тип публикации: Статья
УДК: 575.22
Образец цитирования: В. Д. Гусев, Л. А. Мирошниченко, Т. Н. Титкова, Ю. П. Джиоев, И. В. Козлова, А. П. Парамонов, “Структурированные РНК-маркеры для генотипирования вируса клещевого энцефалита”, Матем. биология и биоинформ., 13:1 (2018), 13–37
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{GusMirTit18}
\by В.~Д.~Гусев, Л.~А.~Мирошниченко, Т.~Н.~Титкова, Ю.~П.~Джиоев, И.~В.~Козлова, А.~П.~Парамонов
\paper Структурированные РНК-маркеры для генотипирования вируса клещевого энцефалита
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2018
\vol 13
\issue 1
\pages 13--37
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb325}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2018.13.13
}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb325
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v13/i1/p13
    • Эта публикация цитируется в следующих 1 статьяx:
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:144
    PDF полного текста:93
    Список литературы:17
     
      Обратная связь:
    		  Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024