Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS


Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти




Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация

Математическая биология и биоинформатика, 2017, том 12, выпуск 2, страницы 354–374
DOI: https://doi.org/10.17537/2017.12.354 (Mi mbb299) 		 
Информационные и вычислительные технологии в биологии и медицине

Массовые вычисления электростатических потенциалов и карт молекулярных поверхностей белков и нуклеиновых кислот в распределенной компьютерной среде: организация и алгоритмы

Т. П. Акишинаa, Т. И. Грохлинаb, П. В. Зреловa, В. В. Ивановca, Р. В. Полозовd, В. С. Сивожелезовe, В. А. Степаненкоa, Ю. Н. Чиргадзеf, А. В. Яковлевa

a Объединенный институт ядерных исследований, Дубна, Россия
b Институт математических проблем биологии РАН – филиал Института прикладной математики им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Россия
c Национальный исследовательский ядерный университет ”МИФИ”, Москва, Россия
d Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Пущино, Россия
e Институт биофизики клетки РАН, Пущино, Россия
f Институт белка РАН, Пущино, Россия
PDF полного текста (2246 kB)
Список литературы:
PDF
HTML
DOI: https://doi.org/10.17537/2017.12.354
Аннотация: Важными факторами, определяющими ключевые процессы транскрипции и трансляции в клетке, являются распределения электростатических потенциалов и структуры молекулярных поверхностей нуклеиновых кислот, факторов транскрипции и их комплексов с ДНК. Однако расчеты электростатических потенциалов и построение карт молекулярных поверхностей требуют много времени и больших вычислительных ресурсов. Для решения этих задач нами разработаны технология и комплекс программ для вычислений в распределенной компьютерной среде, содержащей несколько тысяч процессорных ядер.
Ключевые слова: ДНК, РНК, белки, факторы транскрипции, электростатический потенциал, карта молекулярной поверхности, массовые вычисления, распределенная компьютерная среда.
Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 17-07-01331_а
Работа поддержана грантом РФФИ №17-07-01331.
Материал поступил в редакцию 01.10.2017, опубликован 30.10.2017
Тип публикации: Статья
УДК: 123.4
Образец цитирования: Т. П. Акишина, Т. И. Грохлина, П. В. Зрелов, В. В. Иванов, Р. В. Полозов, В. С. Сивожелезов, В. А. Степаненко, Ю. Н. Чиргадзе, А. В. Яковлев, “Массовые вычисления электростатических потенциалов и карт молекулярных поверхностей белков и нуклеиновых кислот в распределенной компьютерной среде: организация и алгоритмы”, Матем. биология и биоинформ., 12:2 (2017), 354–374
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{AkiGroZre17}
\by Т.~П.~Акишина, Т.~И.~Грохлина, П.~В.~Зрелов, В.~В.~Иванов, Р.~В.~Полозов, В.~С.~Сивожелезов, В.~А.~Степаненко, Ю.~Н.~Чиргадзе, А.~В.~Яковлев
\paper Массовые вычисления электростатических потенциалов и карт молекулярных поверхностей белков и нуклеиновых кислот в распределенной компьютерной среде: организация и алгоритмы
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2017
\vol 12
\issue 2
\pages 354--374
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb299}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2017.12.354}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb299
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v12/i2/p354
    • Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:349
    PDF полного текста:118
    Список литературы:46
     
      Обратная связь:
    		  Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024