False discovery rate of classification as a function of periodicity strength of time-course gene expression

Классификация генов даёт ценную информацию об уникальных типах экспрессии генов. Периодическая структура экспрессии генов во времени является надёжной характеристикой, на основе которой два гена с одинаковой периодической структурой экспрессии могут быть отнесены к одному классу. Однако сила периодичности (то есть её очевидность или достоверность) может отличаться от одного гена к другому. В работе для определения силы периодичности используются подход Lomb-Scargle и JTK-метод, на основании которых вводятся три типа паттернов цикличности экспрессии генов во времени. Авторы показывают, насколько важна роль очевидной периодичности в экспрессии генов во времени для их различения (дискриминации). В наборе данных генов Saccharomyces cerevisiae авторы выделяют гены с различными типами паттерна такой периодичности, основываясь на временных рядах экспрессии этих генов и сдвигах фазы. Доля ошибочно определённых типов паттерна периодичности значительно возрастает с уменьшением силы периодичности. Для генов с сильно выраженной периодической структурой экспрессии эта доля составляла 20%, в то время как для генов со слабо выраженной такой структурой она достигала 45%. Всего в исследуемом наборе данных выявлено 79% генов со слабо выраженной структурой периодичности их экспрессии во времени, что существенно влияет на результат классификации.