|
Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)
Биоинформатика
False discovery rate of classification as a function of periodicity strength of time-course gene expression
[Вероятность ошибочной классификации гена зависит от достоверности периодичности его экспрессии во времени]
Farzad Najafi Amiria, Mahnaz Khalafia, Masoud Golalipourb, Majid Azimmohsenia a Department of Statistics, Faculty of Science, Golestan University, Gorgan, Iran
b Medical cellular and molecular Research center, Golestan University of Medical Sciences,
Gorgan, Iran
Аннотация:
Классификация генов даёт ценную информацию об уникальных типах экспрессии генов. Периодическая структура экспрессии генов во времени является надёжной характеристикой, на основе которой два гена с одинаковой периодической структурой экспрессии могут быть отнесены к одному классу. Однако сила периодичности (то есть её очевидность или достоверность) может отличаться от одного гена к другому. В работе для определения силы периодичности используются подход Lomb-Scargle и JTK-метод, на основании которых вводятся три типа паттернов цикличности экспрессии генов во времени. Авторы показывают, насколько важна роль очевидной периодичности в экспрессии генов во времени для их различения (дискриминации). В наборе данных генов Saccharomyces cerevisiae авторы выделяют гены с различными типами паттерна такой периодичности, основываясь на временных рядах экспрессии этих генов и сдвигах фазы. Доля ошибочно определённых типов паттерна периодичности значительно возрастает с уменьшением силы периодичности. Для генов с сильно выраженной периодической структурой экспрессии эта доля составляла 20%, в то время как для генов со слабо выраженной такой структурой она достигала 45%. Всего в исследуемом наборе данных выявлено 79% генов со слабо выраженной структурой периодичности их экспрессии во времени, что существенно влияет на результат классификации.
Ключевые слова:
дискриминация генов, JTK метод, Lomb-Scargle метод, сдвиг фазы, экспрессия генов Saccharomyces cerevisiae.
Материал поступил в редакцию 16.02.2017, 10.04.2017, опубликован 18.05.2017
Образец цитирования:
Farzad Najafi Amiri, Mahnaz Khalafi, Masoud Golalipour, Majid Azimmohseni, “False discovery rate of classification as a function of periodicity strength of time-course gene expression”, Матем. биология и биоинформ., 12:1 (2017), 198–203
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb289 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v12/i1/p198
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 197 | PDF полного текста: | 54 | Список литературы: | 23 |
|