Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS


Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти




Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация

Математическая биология и биоинформатика, 2015, том 10, выпуск 2, страницы 580–592
DOI: https://doi.org/10.17537/2015.10.580 (Mi mbb246) 		 
Математическое моделирование

Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле AMBER и оптимизация энергетических параметров обновленного поля

С. А. Гарбузинскийa, Б. Т. Маткаримовb, А. В. Финкельштейнa

a Институт белка Российской академии наук, Пущино, Московская обл., Россия
b National Laboratory Astana, Nazarbayev University, Астана, Казахстан
PDF полного текста (653 kB)
Список литературы:
PDF
HTML
DOI: https://doi.org/10.17537/2015.10.580
Аннотация: Разработана новая функциональная форма для силового поля невалентных взаимодействий, учитывающая, наряду с традиционными членами, как наведенную парциальными зарядами поляризацию всех атомов, так и трехчастичные дисперсионные взаимодействия «атом–валентная связь». Соответствующие новые члены добавлены к стандартному силовому полю AMBER. В рамках этой единой функциональной формы силового поля оптимизированы, с использованием данных по молекулярным кристаллам, параметры всех типов невалентных взаимодействий. Показано заметное увеличение коэффициента корреляции между рассчитанной и экспериментально определенной энергией когезии молекул в молекулярных кристаллах.
Ключевые слова: невалентные атом-атомные взаимодействия, трехчастичные взаимодействия, поляризуемость, парциальные заряды, взаимодействие «атом–ковалентная связь», молекулярные кристаллы, энергия когезии.
Финансовая поддержка Номер гранта
Министерство образования и науки Республики Казахстан 2835/ГФ3
Российский фонд фундаментальных исследований 13-04-00253_а
14-04-01554_а
Российская академия наук - Федеральное агентство научных организаций 01201358029
Работа выполнена при финансовой поддержке гранта 2835/ГФ3 Министерства образования и науки Республики Казахстан, грантов РФФИ № 13-04-00253-а и № 14-04-01554-а, и гранта № 01201358029 программы «Молекулярная и клеточная биология» Российской академии наук.
Материал поступил в редакцию 08.12.2015, опубликован 24.12.2015
Тип публикации: Статья
УДК: 577.1, 577.3, 54.03
Образец цитирования: С. А. Гарбузинский, Б. Т. Маткаримов, А. В. Финкельштейн, “Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле AMBER и оптимизация энергетических параметров обновленного поля”, Матем. биология и биоинформ., 10:2 (2015), 580–592
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{GarMatFin15}
\by С.~А.~Гарбузинский, Б.~Т.~Маткаримов, А.~В.~Финкельштейн
\paper Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле AMBER и оптимизация энергетических параметров обновленного поля
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2015
\vol 10
\issue 2
\pages 580--592
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb246}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2015.10.580}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb246
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v10/i2/p580
    • Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:170
    PDF полного текста:47
    Список литературы:62
     
      Обратная связь:
    		  Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024