Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS


Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти




Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация

Математическая биология и биоинформатика, 2015, том 10, выпуск 2, страницы 427–435
DOI: https://doi.org/10.17537/2015.10.427 (Mi mbb236) 		 
Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

Математическое моделирование

Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле АМБЕР и применение обновленного поля к молекулярно-динамическим расчетам

Н. К. Балабаевa, С. А. Гарбузинскийb, О. В. Галзитскаяb, А. В. Глякинаa, Б. Т. Маткаримовc, А. В. Финкельштейнb

a Институт математических проблем биологии, Пущино, Московская обл., Россия
b Институт белка, Пущино, Московская обл., Россия
c National Laboratory Astana, Nazarbayev University, Astana, Kazakhstan
PDF полного текста (569 kB) Список цитирования (1)
Список литературы:
PDF
HTML
DOI: https://doi.org/10.17537/2015.10.427
Аннотация: Выведены формулы для расчета потенциалов и сил в новом силовом поле невалентных взаимодействий, включающем, наряду с традиционными членами, наведенную парциальными зарядами поляризацию всех атомов и трехчастичные дисперсионные взаимодействия «атом–валентная связь». Соответствующие новые члены добавлены к стандартному силовому полю АМБЕР. Проведены молекулярно-динамические расчеты с использованием обновленного силового поля. Показано, что добавленные, физически разумные члены не сильно замедляют молекулярно-динамическое моделирование, несмотря на то, что они учитывают важнейшие трехчастичные взаимодействия.
Ключевые слова: невалентные атом–атомные взаимодействия, трехчастичные взаимодействия, поляризуемость, парциальные заряды, взаимодействие «атом–ковалентная связь».
Финансовая поддержка Номер гранта
Министерство образования и науки Республики Казахстан 2835/ГФ3
Российский фонд фундаментальных исследований 13-04-00253_а
14-04-01554_а
Российская академия наук - Федеральное агентство научных организаций 01201358029
01201353567
Работа выполнена при финансовой поддержке гранта 2835/ГФ3 Министерства образования и науки Республики Казахстан, грантов № 13-04-00253-А и № 14-04-01554-А РФФИ, и грантов № 01201358029 и №01201353567 программы «Молекулярная и клеточная биология» Российской академии наук.
Материал поступил в редакцию 26.10.2015, опубликован 05.11.2015
Тип публикации: Статья
УДК: 577.1, 577.3, 54.03
Образец цитирования: Н. К. Балабаев, С. А. Гарбузинский, О. В. Галзитская, А. В. Глякина, Б. Т. Маткаримов, А. В. Финкельштейн, “Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле АМБЕР и применение обновленного поля к молекулярно-динамическим расчетам”, Матем. биология и биоинформ., 10:2 (2015), 427–435
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{BalGarGal15}
\by Н.~К.~Балабаев, С.~А.~Гарбузинский, О.~В.~Галзитская, А.~В.~Глякина, Б.~Т.~Маткаримов, А.~В.~Финкельштейн
\paper Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле АМБЕР и применение обновленного поля к~молекулярно-динамическим расчетам
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2015
\vol 10
\issue 2
\pages 427--435
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb236}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2015.10.427}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb236
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v10/i2/p427
    • Эта публикация цитируется в следующих 1 статьяx:
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:179
    PDF полного текста:59
    Список литературы:47
     
      Обратная связь:
    		  Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024