Промоторные островки в геноме E. coli: сравнительный анализ с АТ-богатыми последовательностями

Функциональные свойства промоторных островков генома кишечной палочки, т.е. участков с аномально высокой плотностью сигналов транскрипции, сопоставлены со свойствами геномных областей, аномально обогащённых А/Т-парами. Установлено, что компьютерные выборки участков обоих типов по соответствующим критериям частично перекрываются, а их функциональные свойства во многом похожи. Однако промоторные островки отличаются от АТ-богатых последовательностей большей способностью к синтезу коротких олигонуклеотидов, которые могут быть целевыми продуктами этих необычных участков или побочными продуктами их супрессированного состояния. В островках чаще, чем в АТ-богатых участках и намного чаще, чем в местах расположения обычных промоторов встречаются инвертированные повторы. Так как структурные элементы такого типа обычно являются мишенями для взаимодействия с димерами и тетрамерами регуляторных белков, можно предположить, что инициация транскрипции с островковых промоторов контролируется регуляторными сетями клеток и, следовательно, их короткие РНК-продукты могут быть нужны для нормальной жизнедеятельности бактерий. Об этом, в частности, свидетельствует высокое содержание в клетках кишечной палочки олигонуклеотида, синтез которого с островкового промотора гена yjgL подтвержден экспериментально.