Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Математическая биология и биоинформатика, 2014, том 9, выпуск 1, страницы 273–285 (Mi mbb182)  

Биоинформатика

Теоретическая оценка нуклеосомной плотности на генных последовательностях различных ортологов при эухроматической и гетерохроматической локализации

В. Б. Федосеева

Институт молекулярной генетики, Российская академия наук, Москва, Площадь И. В. Курчатова 2, 123182, Россия
Список литературы:
Аннотация: Проведен сравнительный анализ ортологических вариантов нескольких генов, входящих в состав гетеро- и эухроматина из разных видов дрозофилид с использованием компьютерных методов, позволяющих вычислять потенциал предпочтительной локализации нуклеосом вдоль фрагментов ДНК и определять спектр размеров областей такого предпочтения и расстояний между их центрами. Выяснено, что общий уровень потенциала нуклеосомной локализации ниже в случае эухроматина, также есть отличия в спектрах линейныхразмеров областей нуклеосомного предпочтения. В случае гетерохроматина гены light, concertina включают интроны, которые обогащены короткими областями выраженного нуклеосомного предпочтения. Присутствие сильных пиков нуклеосомной локализации ассоциируется с множественными повторами класса LINE и LTR в области интронов, тогда как в области эухроматина их ортологи не содержит соответствующих повторов и столь же протяженных интронов. В последнем случае пики потенциала нуклеосомной локализации для гена light имеют не только меньшую амплитуду, но и размыты до большей ширины. При гетерохроматиновой локализации ген concertina, имеющий самый высокий средний уровень сигнала нуклеосомного позиционирования, экспрессируется на эмбриональной стадии и имеет слабо выраженный эффект положения гена, а ген light с относительно более низким средним уровнем сигнала жизненно необходим для многих стадий развития особи и имеет сильный эффект положения.
Ключевые слова: картирование нуклеосом, ортологи, экзон-интронная cтруктура.
Материал поступил в редакцию 14.11.2013, опубликован 02.06.2014
Тип публикации: Статья
УДК: 576.316: 577.113+577.315.42
Образец цитирования: В. Б. Федосеева, “Теоретическая оценка нуклеосомной плотности на генных последовательностях различных ортологов при эухроматической и гетерохроматической локализации”, Матем. биология и биоинформ., 9:1 (2014), 273–285
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{Fed14}
\by В.~Б.~Федосеева
\paper Теоретическая оценка нуклеосомной плотности на генных последовательностях различных ортологов при эухроматической и~гетерохроматической локализации
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2014
\vol 9
\issue 1
\pages 273--285
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb182}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb182
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v9/i1/p273
  • Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:189
    PDF полного текста:58
    Список литературы:38
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024