|
Математическая биология и биоинформатика, 2014, том 9, выпуск 1, страницы 273–285
(Mi mbb182)
|
|
|
|
Биоинформатика
Теоретическая оценка нуклеосомной плотности на генных последовательностях различных ортологов при эухроматической и гетерохроматической локализации
В. Б. Федосеева Институт молекулярной генетики, Российская академия наук, Москва, Площадь И. В. Курчатова 2, 123182, Россия
Аннотация:
Проведен сравнительный анализ ортологических вариантов нескольких генов, входящих в состав гетеро- и эухроматина из разных видов дрозофилид с использованием компьютерных методов, позволяющих вычислять потенциал предпочтительной локализации нуклеосом вдоль фрагментов ДНК и определять спектр размеров областей такого предпочтения и расстояний между их центрами. Выяснено, что общий уровень потенциала нуклеосомной локализации ниже в случае эухроматина, также есть отличия в спектрах линейныхразмеров областей нуклеосомного предпочтения. В случае гетерохроматина гены light, concertina включают интроны, которые обогащены короткими областями выраженного нуклеосомного предпочтения. Присутствие сильных пиков нуклеосомной локализации ассоциируется с множественными повторами класса LINE и LTR в области интронов, тогда как в области эухроматина их ортологи не содержит соответствующих повторов и столь же протяженных интронов. В последнем случае пики потенциала нуклеосомной локализации для гена light имеют не только меньшую амплитуду, но и размыты до большей ширины. При гетерохроматиновой локализации ген concertina, имеющий самый высокий средний уровень сигнала нуклеосомного позиционирования, экспрессируется на эмбриональной стадии и имеет слабо выраженный эффект положения гена, а ген light с относительно более низким средним уровнем сигнала жизненно необходим для многих стадий развития особи и имеет сильный эффект положения.
Ключевые слова:
картирование нуклеосом, ортологи, экзон-интронная cтруктура.
Материал поступил в редакцию 14.11.2013, опубликован 02.06.2014
Образец цитирования:
В. Б. Федосеева, “Теоретическая оценка нуклеосомной плотности на генных последовательностях различных ортологов при эухроматической и гетерохроматической локализации”, Матем. биология и биоинформ., 9:1 (2014), 273–285
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb182 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v9/i1/p273
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 189 | PDF полного текста: | 58 | Список литературы: | 38 |
|