Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS


Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти




Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация

Математическая биология и биоинформатика, 2013, том 8, выпуск 2, страницы 520–528 (Mi mbb159)  
Биоинформатика

Cтатистический анализ радиационно-индуцированной динамики транскриптома раковых клеток по данным ДНК-микроматриц на примере линии HCT116

Р. Т. Сибатовa, Ю. В. Саенкоa, В. В. Учайкинa, В. В. Саенкоa, Е. В. Морозоваa, В. В. Шулежкоa, Е. В. Кожемякинаa, А. Н. Бызыкчиa, Г. Г. Гусаровa, Д. А. Коробкоa, И. В. Яровиковаa, К. В. Салтыковаa, И. И. Кожемякинb, В. М. Журавлевa, А. В. Журавлевa, Н. К. Айнулловаa

a Ульяновский государственный университет, Ульяновск, Россия, 432017, Ульяновск, ул. Л. Толстого 42
b Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, ВМК, 119991, Москва, ГСП-1, Ленинские горы, МГУ, д. 1, стр. 52, 2-й учебный корпус, ВМК
PDF полного текста (756 kB)
Список литературы:
PDF
HTML
Аннотация: В работе проведён анализ данных ДНК-микрочипов по радиационно-индуцированной динамике транскриптома раковых клеток линии HCT116 с нормальным и мутантным геном ТР53. Транскриптом анализировался через 1, 12 и 24 часа после облучения с использованием микроматрицы Affymetrix серии HGU133А. Получено, что вероятностные характеристики разностей экспрессии существенно зависят от интенсивностей базового уровня, причем для абсолютных разностей эта зависимость нелинейная. Эффект учтён в рамках алгоритма «огибающая шума» на этапах фильтрации, кластеризации и группировки генов. Судить об эффективности применяемых в работе процедур обработки данных ДНК-микрочипов можно по результатам иерархической кластеризации и метода групповых средних. Для генов, прошедших процедуру фильтрации, построены дендрограммы, на основе которых проведено предварительное сравнение динамики ключевых сигнальных путей, связанных с программируемой клеточной смертью и репарацией ДНК.
Ключевые слова: ДНК-микроматрица, экспрессия генов, иерархическая кластеризация, метод групповых средних.
Материал поступил в редакцию 03.09.2013, опубликован 31.10.2013
Тип публикации: Статья
УДК: 519.25:577.21:576.385.5:616-006.6
Образец цитирования: Р. Т. Сибатов, Ю. В. Саенко, В. В. Учайкин, В. В. Саенко, Е. В. Морозова, В. В. Шулежко, Е. В. Кожемякина, А. Н. Бызыкчи, Г. Г. Гусаров, Д. А. Коробко, И. В. Яровикова, К. В. Салтыкова, И. И. Кожемякин, В. М. Журавлев, А. В. Журавлев, Н. К. Айнуллова, “Cтатистический анализ радиационно-индуцированной динамики транскриптома раковых клеток по данным ДНК-микроматриц на примере линии HCT116”, Матем. биология и биоинформ., 8:2 (2013), 520–528
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{SibSaeUch13}
\by Р.~Т.~Сибатов, Ю.~В.~Саенко, В.~В.~Учайкин, В.~В.~Саенко, Е.~В.~Морозова, В.~В.~Шулежко, Е.~В.~Кожемякина, А.~Н.~Бызыкчи, Г.~Г.~Гусаров, Д.~А.~Коробко, И.~В.~Яровикова, К.~В.~Салтыкова, И.~И.~Кожемякин, В.~М.~Журавлев, А.~В.~Журавлев, Н.~К.~Айнуллова
\paper Cтатистический анализ радиационно-индуцированной динамики транскриптома раковых клеток по данным ДНК-микроматриц на примере линии HCT116
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2013
\vol 8
\issue 2
\pages 520--528
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb159}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb159
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v8/i2/p520
    • Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:310
    PDF полного текста:101
    Список литературы:42
    Первая страница:1
     
      Обратная связь:
    		  Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024