Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Математическая биология и биоинформатика, 2013, том 8, выпуск 2, страницы 480–501 (Mi mbb156)  

Эта публикация цитируется в 4 научных статьях (всего в 4 статьях)

Биоинформатика

Исследование феномена скрытой периодичности в геномах эукариотических организмов

М. Б. Чалейa, В. А. Кутыркинb, Е. И. Теплухинаa, Г. Э. Тюльбашеваa, Н. Н. Назиповаa

a Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
b Московский государственный технический университет им. Н. Э. Баумана, Москва, 107005, Россия
Список литературы:
Аннотация: Представлен анализ данных первого выпуска базы HeteroGenome, содержащей выявленные районы скрытой периодичности в геномах ряда эукариотических организмов. Тандемные повторы с различной сохранностью копий паттерна, включая сильно размытые повторы, были идентифицированы в геномах S. cerevisiae, A. thaliana, C. elegans и D. melanogaster. Данные были получены с помощью оригинального спектрально-статистического подхода к поиску достоверных районов скрытой периодичности в последовательностях ДНК. Введение двухуровневой структуры представления данных (на первом, неизбыточном, уровне районы скрытой периодичности рассматриваются в целом, на втором уровне — консервативные фрагменты их периодической структуры) позволило оценить долю покрытия ($\sim10\%$ от длины генома) анализируемых геномов районами скрытой периодичности. Оценка выведена на основе данных первого уровня. Анализ количественного и качественного состава (по уровню дивергенции) районов скрытой периодичности по всем хромосомам рассматриваемых организмов выявил характеристические типы периодичности в геноме каждого организма. Получены гистограммы плотности распределения районов скрытой периодичности для каждой хромосомы рассматриваемых геномов. Выявлен репертуар длин периодов в геномах. База данных HeteroGenome предоставляет дополнительные возможности анализа содержащихся в ней данных и доступна по адресу: http://www.jcbi.ru/lp_baze/.
Ключевые слова: скрытая периодичность, тандемные повторы, анализ генома.
Материал поступил в редакцию 23.07.2013, опубликован 24.09.2013
Тип публикации: Статья
УДК: 577.322
Образец цитирования: М. Б. Чалей, В. А. Кутыркин, Е. И. Теплухина, Г. Э. Тюльбашева, Н. Н. Назипова, “Исследование феномена скрытой периодичности в геномах эукариотических организмов”, Матем. биология и биоинформ., 8:2 (2013), 480–501
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{ChaKutTep13}
\by М.~Б.~Чалей, В.~А.~Кутыркин, Е.~И.~Теплухина, Г.~Э.~Тюльбашева, Н.~Н.~Назипова
\paper Исследование феномена скрытой периодичности в геномах эукариотических организмов
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2013
\vol 8
\issue 2
\pages 480--501
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb156}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb156
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v8/i2/p480
    Перевод статьи
    Эта публикация цитируется в следующих 4 статьяx:
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:326
    PDF полного текста:123
    Список литературы:54
    Первая страница:1
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024