|
Математическая биология и биоинформатика, 2013, том 8, выпуск 2, страницы 467–479
(Mi mbb155)
|
|
|
|
Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)
Биоинформатика
Молекулярные механизмы взаимодействия белков CrmB вируса оспы коров и вируса натуральной оспы с фактором некроза опухолей человека
Н. В. Иванисенкоa, Т. В. Трегубчакb, О. В. Сайкa, В. А. Иванисенкоa, С. Н. Щелкуновab, Н. А. Колчановac a Институт цитологии и генетики, Сибирское отделение Российской академии наук, Новосибирск, Новосибирская область, 630090, Россия
b ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор», Кольцово, Новосибирская область, 630559 Россия
c Новосибирский Государственный Университет, Новосибирск, Новосибирская область, 630090, Россия
Аннотация:
Рекомбинантные вирусные белки, блокирующие активность фактора некроза опухолей (ФНО), могут быть использованы для разработки новых препаратов, предназначенных для лечения воспалительных заболеваний. Компьютерное моделирование комплекса взаимодействующих белков и выявление закономерностей их взаимодействия обеспечивает возможность предсказания и создания методами направленного мутагенеза измененных форм ФНО-связывающих белков (ФНО-СБ) ортопоксвирусов, которые с наибольшей эффективностью способны связываться и нейтрализовать активность ФНО. Для анализа механизмов взаимодействия ФНО человека (чФНО) с ФНО-связывающими доменами ФНО-СБ вируса оспы коров (ФНОСД-ВОК) и ФНО-СБ вируса натуральной оспы (ФНОСД- ВНО) и определения наиболее важных аминокислот, участвующих в образовании комплексов, были использованы компьютерные модели, построенные на основе структуры комплекса мутантного чФНО с рецептором ФНО типа II (чФНОР-II), полученной методом рентгеноструктурного анализа. С использованием моделирования молекулярной динамики и метода расчета свободной энергии MM-GBSA было показано, что чФНО связывается с большей аффинностью c ФНОСД- ВНО по сравнению с ФНОСД-ВОК. Результаты расчетов были подтверждены данными экспериментов по измерению констант связывания изучаемых белков методом SPR. Выявлено, что аминокислотная замена в последовательности ФНО-СБ ВНО ASP63$\to$ASN63 приводит к структурным перестройкам, благоприятствующим взаимодействию ФНО-СБ ВНО с ФНО человека. Дополнительно, протокол разложения свободной энергии по аминокислотным остаткам позволил выявить ключевые аминокислоты, участвующие в энергии образования комплексов.
Ключевые слова:
моделирование молекулярной динамики, препараты антицитокинового действия, вирус натуральной оспы (ВНО), вирус оспы коров (ВОК), фактор некроза опухоли.
Материал поступил в редакцию 23.07.2013, опубликован 06.09.2013
Образец цитирования:
Н. В. Иванисенко, Т. В. Трегубчак, О. В. Сайк, В. А. Иванисенко, С. Н. Щелкунов, Н. А. Колчанов, “Молекулярные механизмы взаимодействия белков CrmB вируса оспы коров и вируса натуральной оспы с фактором некроза опухолей человека”, Матем. биология и биоинформ., 8:2 (2013), 467–479
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb155 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v8/i2/p467
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 259 | PDF полного текста: | 65 | Список литературы: | 40 | Первая страница: | 1 |
|