Компьютерный поиск новых анти-ВИЧ-1 агентов — пептидомиметиков нейтрализующих антител — и оценка их потенциальной ингибиторной активности методами молекулярного моделирования

На основе анализа структурных комплексов пептидов петли V3 ВИЧ-1 из различных модификаций вируса с Fab-фрагментом моноклонального антитела (МКА) 3074, обладающего широкой нейтрализующей активностью, осуществлен компьютерный поиск химических соединений, способных имитировать фармакофорные свойства антиген-связывающего центра этого антитела. Методами молекулярного докинга оценена эффективность связывания найденных соединений с пептидами петли V3 и проведен отбор наиболее вероятных пептидомиметиков МКА 3074. С помощью методов молекулярной динамики и расчета свободной энергии образования комплексов показано, что, как и МКА 3074, отобранные соединения проявляют высокое сродство к иммуногенной “верхушке” петли V3 ВИЧ-1, образующей консервативный структурный мотив, в состав которого входят критические для клеточного тропизма аминокислоты белка gp120 оболочки вируса. В связи с этим, данные соединения рассматриваются как перспективные базовые структуры для создания новых эффективных лекарственных препаратов против СПИДа.