|
Математическая биология и биоинформатика, 2012, том 7, выпуск 2, страницы 554–566
(Mi mbb122)
|
|
|
|
Интеллектуальный анализ данных
Настройка нелинейной модели данных экспериментов с экспрессионными ДНК-микрочипами
Е. А. Рябенкоab a Факультет вычислительной математики и кибернетики, Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова, Москва, 119991, Россия
b НТЦ Биоклиникум, Москва, 115088, Россия
Аннотация:
Рассматривается нелинейная модель данных ДНК-микрочипов, в которой интенсивность флуоресценции проб описывается функцией Лэнгмюра. Разработан метод настройки параметров модели на основе общедоступных данных нескольких тысяч экспериментов, основанный на минимизации функции потерь из класса AB-дивергенций; для выбора оптимальных значений гиперпараметров проведены численные эксперименты. Полученная модель описывает интенсивности флуоресценции проб микрочипа точнее стандартной линейной, а полученные на её основе оценки экспрессии более устойчивы.
Ключевые слова:
ДНК-микрочипы, суммаризация, модель Лэнгмюра, AB-дивергенция.
Материал поступил в редакцию 02.10.2012, опубликован 25.10.2012
Образец цитирования:
Е. А. Рябенко, “Настройка нелинейной модели данных экспериментов с экспрессионными ДНК-микрочипами”, Матем. биология и биоинформ., 7:2 (2012), 554–566
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb122 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v7/i2/p554
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 262 | PDF полного текста: | 85 | Список литературы: | 40 | Первая страница: | 1 |
|