|
Математическая биология и биоинформатика, 2012, том 7, выпуск 2, страницы 493–507
(Mi mbb118)
|
|
|
|
Математическое моделирование
Метод интегральных уравнений теории жидкостей в приближении RISM для исследования термодинамики самоорганизующихся ионных пептидов
Е. В. Соболевa, А. В. Данилковичbc, Д. А. Тихоновa a Институт математических проблем биологии РАН, Пущино, Московская область, 142290, Россия
b Филиал института биоорганической химии им. академиков М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова РАН, Пущино, Московская область, 142290, Россия
c ГОУ ВПО Пущинский Государственный Естественнонаучный Институт, Учебный Центр на базе ФИБХ РАН, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Аннотация:
Для изучения термодинамических характеристик комплексов самоорганизующихся ионных пептидов была применена модификация метода RISM с использованием средней матрицы внутримолекулярных корреляционных функций. Данный подход эффективен при анализе, как свободной энергии, так и структуры сольватной области макромолекул, для которых существует большие выборки конфигурационных состояний. Для расчетов свободной энергии, наряду с приближенными формулами был использован метод численного термодинамического интегрирования. Сравнение результатов расчетов свободной энергии разными способами показало, что использование метода термодинамического интегрирования позволяет получить наиболее адекватные величины энергий взаимодействия пептидных наноструктур в составе протофиламента. Сделаны выводы о применимости различных способов вычисления величин свободной энергии для изучения ионных пептидов и их комплексов.
Ключевые слова:
интегральные уравнения, теория жидкостей, RISM, средняя матрица, энергия Гиббса, самоорганизующиеся структуры, ионные пептиды.
Материал поступил в редакцию 02.07.2012, опубликован 20.08.2012
Образец цитирования:
Е. В. Соболев, А. В. Данилкович, Д. А. Тихонов, “Метод интегральных уравнений теории жидкостей в приближении RISM для исследования термодинамики самоорганизующихся ионных пептидов”, Матем. биология и биоинформ., 7:2 (2012), 493–507
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb118 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v7/i2/p493
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 293 | PDF полного текста: | 75 | Список литературы: | 45 | Первая страница: | 1 |
|