|
Математическая биология и биоинформатика, 2012, том 7, выпуск 2, страницы 476–492
(Mi mbb117)
|
|
|
|
Эта публикация цитируется в 2 научных статьях (всего в 2 статьях)
Биоинформатика
Поиск протяженных повторов в геномах на основе спектрально-аналитического метода
А. Н. Панкратовab, М. И. Пятковa, Р. К. Тетуевa, Н. Н. Назиповаa, Ф. Ф. Дедусb a Институт математических проблем биологии РАН, 142290, Пущино, ул. Институтская, д. 4
b Факультет ВМК МГУ имени М. В. Ломоносова,
119991 ГСП-1, Москва, Ленинские горы
Аннотация:
Разработан спектрально-аналитический подход к выявлению размытых протяженных повторов в геномных последовательностях. Метод основан на разномасштабном интегральном оценивании сходства нуклеотидных последовательностей в пространстве коэффициентов разложения фрагментов кривых GC- и GA-содержания по классическим ортогональным базисам. Найдены условия оптимальной аппроксимации, обеспечивающие автоматическое распознавание повторов различных видов (прямых и инвертированных, а также тандемных) на спектральной матрице сходства. Метод одинаково хорошо работает на разных масштабах данных. Он позволяет выявлять следы сегментных дупликаций и мегасателлитные участки в геноме, районы синтении при сравнении пары геномов. Его можно использовать для детального изучения фрагментов хромосом (поиска размытых участков с умеренной длиной повторяющегося паттерна).
Ключевые слова:
сравнение геномов, аппроксимация, матрица сходства, распознавание образов, мегасателлиты, разнесенные повторы.
Материал поступил в редакцию 15.07.2012, опубликован 08.08.2012
Образец цитирования:
А. Н. Панкратов, М. И. Пятков, Р. К. Тетуев, Н. Н. Назипова, Ф. Ф. Дедус, “Поиск протяженных повторов в геномах на основе спектрально-аналитического метода”, Матем. биология и биоинформ., 7:2 (2012), 476–492
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb117 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v7/i2/p476
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 435 | PDF полного текста: | 185 | Список литературы: | 47 | Первая страница: | 1 |
|