Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS


Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти




Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация

Математическая биология и биоинформатика, 2012, том 7, выпуск 2, страницы 398–409 (Mi mbb112)  
Биоинформатика

Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда

Э. С. Фомин, Н. А. Алемасов

Институт цитологии и генетики, Сибирское отделение Российской академии наук, Новосибирск, 630090, Россия
PDF полного текста (379 kB)
Список литературы:
PDF
HTML
Аннотация: Представлен программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий молекулярных комплексов методом $\lambda$-динамики. Для уточнения расчетов разностей свободных энергий между состояниями с изменением заряда L-MOLKERN использует оригинальный метод учета эффектов перераспределения заряда Net-q. Показаны результаты выполненных расчетов (на примере мутаций белка барназы), демонстрирующие улучшение точности расчетов. Продемонстрирована высокая масштабируемость разработанного программного комплекса L-MOLKERN.
Ключевые слова: молекулярная динамика, $\lambda$-динамика, разность свободных энергий, поляризация, масштабируемость вычислений.
Материал поступил в редакцию 16.07.2012, опубликован 26.07.2012
Тип публикации: Статья
УДК: 004.94
Образец цитирования: Э. С. Фомин, Н. А. Алемасов, “Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда”, Матем. биология и биоинформ., 7:2 (2012), 398–409
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{FomAle12}
\by Э.~С.~Фомин, Н.~А.~Алемасов
\paper Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2012
\vol 7
\issue 2
\pages 398--409
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb112}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb112
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v7/i2/p398
    • Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:404
    PDF полного текста:64
    Список литературы:45
    Первая страница:1
     
      Обратная связь:
    		  Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024