|
Математическая биология и биоинформатика, 2012, том 7, выпуск 1, страницы 345–359
(Mi mbb109)
|
|
|
|
Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)
Интеллектуальный анализ данных
Метрическая кластеризация последовательностей аминокислотных остатков в ранговых шкалах
В. В. Стрижовa, М. П. Кузнецовb, К. В. Рудаковa a Вычислительный центр им. А. А. Дородницына, Российская академия наук, Москва, 19333, Россия
b Московский физико-технический институт (Государственный университет), Долгопрудный, Московская область, 141700, Россия
Аннотация:
Для решения задачи распознавания вторичной структуры белков предложен алгоритм кластеризации подпоследовательности аминокислотных остатков. Для выявления кластеров используются парные расстояния между подпоследовательностями. Отличительной особенностью алгоритма является то, что не требуется строить полную матрицу парных расстояний, что снижает сложность вычислений. При кластеризации рассматриваются только ранги расстояний между подпоследовательностями. Работа алгоритма проиллюстрирована синтетическими данными и данными из базы UniProtKB.
Ключевые слова:
кластеризация, функция расстояния, матрица парных расстояний, метрическая конфигурация, ранговые шкалы.
Материал поступил в редакцию 25.04.2012, опубликован 25.06.2012
Образец цитирования:
В. В. Стрижов, М. П. Кузнецов, К. В. Рудаков, “Метрическая кластеризация последовательностей аминокислотных остатков в ранговых шкалах”, Матем. биология и биоинформ., 7:1 (2012), 345–359
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb109 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v7/i1/p345
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 605 | PDF полного текста: | 715 | Список литературы: | 67 | Первая страница: | 1 |
|