|
Журнал Сибирского федерального университета. Серия «Математика и физика», 2024, том 17, выпуск 6, страницы 808–816
(Mi jsfu1214)
|
|
|
|
Structure determination of the Pb$^{2+}$-specific GT aptamer using SAXS and molecular modeling methods
[Определение структуры аптамера GT, специфичного к ионам свинца (II), методами МУРР и молекулярного моделирования]
Polina V. Artyushenkoab, Irina A. Shchugorevaab, Anna N. Berlinac, Nadezhda S. Komovac, Kseniya V. Serebrennikovac, Roman V. Moryachkova, Vladimir N. Zabludad, Alexey E. Sokolovde, Felix N. Tomilinade, Anna S. Kichkailoab a Federal Research Center KSC SB RAS, Krasnoyarsk, Russian Federation
b Prof. V. F. Voino-Yasenetsky Krasnoyarsk State Medical University, Krasnoyarsk, Russian Federation
c A. N. Bach Institute of Biochemistry, Research Center of Biotechnology RAS, Moscow, Russian Federation
d Kirensky Institute of Physics, Federal Research Center KSC SB RAS, Krasnoyarsk, Russian Federation
e Siberian Federal University, Krasnoyarsk, Russian Federation
Аннотация:
Аптамер GT, конъюгированный с золотыми наночастицами, специфичен к ионам тяжёлых металлов и может использоваться для контроля качества воды и экологического мониторинга. Для определения структуры комплекса аптамера с ионами свинца (II) были проведены измерения кругового дихроизма (КД) и малоуглового рентгеновского рассеяния (МУРР). Сопоставление результатов измерений с разными вариантами пространственной структуры комплексов, полученными с помощью молекулярного моделирования, позволило определить, как меняется конформация аптамера при взаимодействии с мишенью — ионами свинца (II).
Ключевые слова:
аптамеры, ионы тяжелых металлов, малоугловое рентгеновское рассеяние, спектроскопия кругового дихроизма, молекулярное моделирование.
Получена: 10.08.2024 Исправленный вариант: 16.09.2024 Принята: 20.10.2024
Образец цитирования:
Polina V. Artyushenko, Irina A. Shchugoreva, Anna N. Berlina, Nadezhda S. Komova, Kseniya V. Serebrennikova, Roman V. Moryachkov, Vladimir N. Zabluda, Alexey E. Sokolov, Felix N. Tomilin, Anna S. Kichkailo, “Structure determination of the Pb$^{2+}$-specific GT aptamer using SAXS and molecular modeling methods”, Журн. СФУ. Сер. Матем. и физ., 17:6 (2024), 808–816
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/jsfu1214 https://www.mathnet.ru/rus/jsfu/v17/i6/p808
|
|