Известия высших учебных заведений. Поволжский регион. Физико-математические науки
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Правила для авторов

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Известия высших учебных заведений. Поволжский регион. Физико-математические науки:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Известия высших учебных заведений. Поволжский регион. Физико-математические науки, 2018, выпуск 1, страницы 46–59
DOI: https://doi.org/10.21685/2072-3040-2018-1-4
(Mi ivpnz166)
 

Математика

Подход к улучшению алгоритмов расчета расстояний между цепочками ДНК (на примере алгоритма Нидлмана - Вунша)

Б. Ф. Мельниковa, М. А. Тренинаb, А. С. Кочергинa

a Российский государственный социальный университет, Москва
b Тольяттинский государственный университет, Тольятти
Список литературы:
Аннотация: Актуальность и цели. На практике достаточно часто встречается необходимость вычисления расстояния между последовательностями различной природы. Подобные алгоритмы используются в биоинформатике для сравнения секвенированных генетических цепочек. В силу большой размерности таких цепочек приходится использовать эвристические алгоритмы, которые дают приближенные результаты. Поэтому возникает задача оценки качества используемых метрик (расстояний), по результатам которой можно сделать вывод о применимости алгоритма к различным исследованиям. Цель исследования – повышение качества оценки расстояния между длинными строками.Материалы и методы. Для сравнения генетических цепочек, взятых из открытого банка данных NСВI, мы предлагаем эвристический алгоритм, разработанный на основе алгоритма Нидлмана - Вунша. После реализации исходного алгоритма к полученным значениям метрики дополнительно применяется специальная функция с тремя параметрами, определение которых производится методом градиентного спуска. Результаты. Получена качественная оценка работы алгоритмов для расчета расстояния между цепочками ДНК и разработан один из подходов к улучшению таких алгоритмов. Выводы. Было предложено улучшение алгоритма Нидлмана - Вунша сравнения строковых последовательностей, а также сформулирован подход к улучшению других алгоритмов построения метрик на длинных строках.
Ключевые слова: мера сходства последовательностей ДНК, эвристические алгоритмы, алгоритм Нидлмана - Вунша.
Тип публикации: Статья
УДК: 004.021; 004.023; 51-76
Образец цитирования: Б. Ф. Мельников, М. А. Тренина, А. С. Кочергин, “Подход к улучшению алгоритмов расчета расстояний между цепочками ДНК (на примере алгоритма Нидлмана - Вунша)”, Известия высших учебных заведений. Поволжский регион. Физико-математические науки, 2018, № 1, 46–59
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{MelTreKoc18}
\by Б.~Ф.~Мельников, М.~А.~Тренина, А.~С.~Кочергин
\paper Подход к улучшению алгоритмов расчета расстояний между цепочками ДНК (на примере алгоритма Нидлмана - Вунша)
\jour Известия высших учебных заведений. Поволжский регион. Физико-математические науки
\yr 2018
\issue 1
\pages 46--59
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/ivpnz166}
\crossref{https://doi.org/10.21685/2072-3040-2018-1-4}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/ivpnz166
  • https://www.mathnet.ru/rus/ivpnz/y2018/i1/p46
  • Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Известия высших учебных заведений. Поволжский регион. Физико-математические науки
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:56
    PDF полного текста:28
    Список литературы:18
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024