Известия Саратовского университета. Новая серия. Серия: Математика. Механика. Информатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS


Изв. Сарат. ун-та. Нов. сер. Сер.: Математика. Механика. Информатика:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти




Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация

Известия Саратовского университета. Новая серия. Серия: Математика. Механика. Информатика, 2013, том 13, выпуск 2(2), страницы 51–57
DOI: https://doi.org/10.18500/1816-9791-2013-13-2-2-51-57 (Mi isu413) 		 
Эта публикация цитируется в 4 научных статьях (всего в 4 статьях)

Информатика

Совместное применение графа де Брёйна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома

А. А. Сергушичевa, А. В. Александровa, С. В. Казаковa, Ф. Н. Царевb, А. А. Шалытоc

a Кафедра компьютерных технологий, Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики
b Кафедра программной инженерии и верификации программ, Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики
c Кафедра технологий программирования, Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики
PDF полного текста (166 kB) Список цитирования (4)
Список литературы:
PDF
HTML
DOI: https://doi.org/10.18500/1816-9791-2013-13-2-2-51-57
Аннотация: В работе предлагается метод сборки контигов геномных последовательностей из парных чтений. Особенностью этого метода является разбиение процесса сборки контигов на три этапа: сборка квазиконтигов из чтений, сборка контигов из квазиконтигов и микросборка. На первом из этапов используется граф де Брёйна, на втором – граф перекрытий. Описываются результаты экспериментального исследования разработанного метода на чтениях геномов бактерии E. Coli (размер генома – $4.5$ миллиона нуклеотидов) и рыбы Maylandia zebra (размер генома – миллиард нуклеотидов). Преимущество разработанного метода состоит в том, что для его работы требуется существенно меньше оперативной памяти по сравнению с существующими программными средствами для сборки генома.
Ключевые слова: сборка генома, контиги, граф де Брёйна, граф перекрытий, микросборка.
Реферативные базы данных:
Тип публикации: Статья
УДК: 004.021
Образец цитирования: А. А. Сергушичев, А. В. Александров, С. В. Казаков, Ф. Н. Царев, А. А. Шалыто, “Совместное применение графа де Брёйна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома”, Изв. Сарат. ун-та. Нов. сер. Сер.: Математика. Механика. Информатика, 13:2(2) (2013), 51–57
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{SerAleKaz13}
\by А.~А.~Сергушичев, А.~В.~Александров, С.~В.~Казаков, Ф.~Н.~Царев, А.~А.~Шалыто
\paper Совместное применение графа де Брёйна, графа перекрытий и микросборки для \textit{de novo} сборки генома
\jour Изв. Сарат. ун-та. Нов. сер. Сер.: Математика. Механика. Информатика
\yr 2013
\vol 13
\issue 2(2)
\pages 51--57
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/isu413}
\crossref{https://doi.org/10.18500/1816-9791-2013-13-2-2-51-57}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/isu413
  • https://www.mathnet.ru/rus/isu/v13/i4/p51
    • Эта публикация цитируется в следующих 4 статьяx:
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    		Известия Саратовского университета. Новая серия. Серия Математика. Механика. Информатика
     
      Обратная связь:
    		  Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024