|
Эта публикация цитируется в 4 научных статьях (всего в 4 статьях)
Информатика
Совместное применение графа де Брёйна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома
А. А. Сергушичевa, А. В. Александровa, С. В. Казаковa, Ф. Н. Царевb, А. А. Шалытоc a Кафедра компьютерных технологий, Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики
b Кафедра программной инженерии и верификации программ,
Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики
c Кафедра технологий программирования, Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики
Аннотация:
В работе предлагается метод сборки контигов геномных последовательностей из парных чтений. Особенностью этого метода является разбиение процесса сборки контигов на три этапа: сборка квазиконтигов из чтений, сборка контигов из квазиконтигов и микросборка. На первом из этапов используется граф де Брёйна, на втором – граф перекрытий. Описываются результаты экспериментального исследования разработанного метода на чтениях геномов бактерии E. Coli (размер генома – $4.5$ миллиона нуклеотидов) и рыбы Maylandia zebra (размер генома – миллиард нуклеотидов). Преимущество разработанного метода состоит в том, что для его работы требуется существенно меньше оперативной памяти по сравнению с существующими программными средствами для сборки генома.
Ключевые слова:
сборка генома, контиги, граф де Брёйна, граф перекрытий, микросборка.
Образец цитирования:
А. А. Сергушичев, А. В. Александров, С. В. Казаков, Ф. Н. Царев, А. А. Шалыто, “Совместное применение графа де Брёйна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома”, Изв. Сарат. ун-та. Нов. сер. Сер.: Математика. Механика. Информатика, 13:2(2) (2013), 51–57
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/isu413 https://www.mathnet.ru/rus/isu/v13/i4/p51
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 388 | PDF полного текста: | 126 | Список литературы: | 50 |
|