Аннотация:
В работе предлагается метод сборки контигов геномных последовательностей из парных чтений. Особенностью этого метода является разбиение процесса сборки контигов на три этапа: сборка квазиконтигов из чтений, сборка контигов из квазиконтигов и микросборка. На первом из этапов используется граф де Брёйна, на втором – граф перекрытий. Описываются результаты экспериментального исследования разработанного метода на чтениях геномов бактерии E. Coli (размер генома – 4.5 миллиона нуклеотидов) и рыбы Maylandia zebra (размер генома – миллиард нуклеотидов). Преимущество разработанного метода состоит в том, что для его работы требуется существенно меньше оперативной памяти по сравнению с существующими программными средствами для сборки генома.
Ключевые слова:
сборка генома, контиги, граф де Брёйна, граф перекрытий, микросборка.
Реферативные базы данных:
Тип публикации:
Статья
УДК:
004.021
Образец цитирования:
А. А. Сергушичев, А. В. Александров, С. В. Казаков, Ф. Н. Царев, А. А. Шалыто, “Совместное применение графа де Брёйна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома”, Изв. Сарат. ун-та. Нов. сер. Сер.: Математика. Механика. Информатика, 13:2(2) (2013), 51–57
\RBibitem{SerAleKaz13}
\by А.~А.~Сергушичев, А.~В.~Александров, С.~В.~Казаков, Ф.~Н.~Царев, А.~А.~Шалыто
\paper Совместное применение графа де Брёйна, графа перекрытий и микросборки для \textit{de novo} сборки генома
\jour Изв. Сарат. ун-та. Нов. сер. Сер.: Математика. Механика. Информатика
\yr 2013
\vol 13
\issue 2(2)
\pages 51--57
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/isu413}
\crossref{https://doi.org/10.18500/1816-9791-2013-13-2-2-51-57}
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/isu413
https://www.mathnet.ru/rus/isu/v13/i4/p51
Эта публикация цитируется в следующих 4 статьяx:
Zaitseva E.A., Lavrova D.S., “Self-Regulation of the Network Infrastructure of Cyberphysical Systems on the Basis of the Genome Assembly Problem”, Autom. Control Comp. Sci., 54:8 (2020), 813–821
Lavrova D.S., “Maintaining Cyber Sustainability in Industrial Systems Based on the Concept of Molecular-Genetic Control Systems”, Autom. Control Comp. Sci., 53:8 (2019), 1026–1028
Lavrova D.S., Zaitseva E.A., Zegzhda D.P., “Approach to Presenting Network Infrastructure of Cyberphysical Systems to Minimize the Cyberattack Neutralization Time”, Autom. Control Comp. Sci., 53:5 (2019), 387–392
К. В. Романенков, “Метод оценки качества сборки генома на основе частот k-меров”, Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2017, 011, 24 с.
Цитирование в формате AMSBIB
Обратная связь: