Симметричные структуры в комплементарных цепях геномных ДНК и возможные алгоритмы их организации

При подсчете олигонуклеотидных ($N<12$) субпоследовательностей в полных текстах первой и второй цепей ДНК геномов прокариот и эукариот образуются массивы данных с высокими степенями линейной корреляции, вычисленной по Пирсону. Корреляции вырождаются при изменении алгоритма генерации последовательности комплементарной цепи и уменьшении длины обрабатываемых фрагментов ДНК. Высокая симметрия первой и второй цепей геномов обусловливается наличием в геномных ДНК большого числа комплементарных разделенных палиндромов, которые могут рассматриваться в виде совершенных, инвертированных, разнесенных повторов. В компьютерной модели, работающей по алгоритму генерации случайных повторов, а также крупноблочных делеций, поддерживающих постоянство длины трансформируемого in silico нуклеотидного текста, показано возникновение обсуждаемой симметрии цепей в матрице псевдослучайной ДНК.
Авторы признательны коллегам из Института биологии Уфимского научного центра РАН, где выполнялась основная часть данной работы, и участникам школы «Будущее прикладной математики» за поддержку и обсуждение.