База данных двухспиральных мотивов белковых молекул и вычислительные сервисы для их анализа

Данная работа посвящена созданию базы данных структурных мотивов белковых молекул, состоящих из двух элементов вторичной структуры, имеющих уникальные укладки полипептидной цепи в пространстве. Исследуемые мотивы представляют собой пары любого типа спиралей, соединëнные между собой перетяжками различной ненулевой длины и различной конформации. Для каждой структуры рассчитаны геометрические параметры. Интерфейс базы данных позволяет выполнять операции поиска, сортировки, фильтрации по всем параметрам, что дает возможность получать выборки структур с заданными геометрическими характеристиками. Также интерфейс системы позволяет проводить статистический анализ и строить гистограммы распределения различных характеристик структур в выборке. Таким образом, имеется возможность исследовать корреляцию геометрии пространственных структур исследуемых мотивов с аминокислотной последовательностью. Система позволяет выгружать полученные выборки в файловую систему в формате CSV. Формат выгрузки и набор выгружаемых данных настраиваются в интерфейсе. Выгрузка может содержать как все геометрические характеристики интересующих структур, так и соответствующие аминокислотные последовательности. Интерфейс базы данных позволяет также просматривать 3D модели интересующих структурных мотивов.