|
Препринты Института прикладной математики им. М. В. Келдыша РАН, 2001, 004
(Mi ipmp1056)
|
|
|
|
Методика математического моделирования процесса образования вторичной структуры РНК
Е. Е. Козырева, Е. И. Кугушев, А. В. Майков
Аннотация:
Описывается универсальная методика ускорения вычислений в задачах математического моделирования процесса структурообразования биологических макромолекул, синтезируемых в живой клетке (нуклеиновые кислоты, белки). Развитие таких процессов определяется соотношением скорости удлинения растущей молекулярной цепи и скорости распада и образования структурных связей в ней. Вычислительная сложность моделирования здесь оценивается как $N^5$, где $N$ – полная длина молекулярной цепи. Задача сводится к многократному построению локально-минимального пути на ориентированном динамически меняющемся графе, описывающем возможные межструктурные переходы. Множество таких переходов для каждой вершины графа монотонно растет вместе с ростом молекулярной цепи. Это свойство позволяет снизить вычислительные затраты до $N^4$. Проводится доказательство корректности методики, анализируются ее возможные варианты. Методика использовалась при математическом моделировании и изучении процесса образования вторичных структур рибонуклеиновых кислот (РНК) различных типов.
Образец цитирования:
Е. Е. Козырева, Е. И. Кугушев, А. В. Майков, “Методика математического моделирования процесса образования вторичной структуры РНК”, Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2001, 004
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/ipmp1056 https://www.mathnet.ru/rus/ipmp/y2001/p4
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 80 | PDF полного текста: | 6 |
|