Аннотация:
Корректирующие операции (корректоры) в мультиалгоритмических конструкциях алгебраического подхода могут строиться на основе известных физических моделей и/или многоуровневых описаний физических объектов. В рамках топологического подхода к анализу плохо формализованных задач поиск включаемых в корректор алгоритмов может рассматриваться как задача комбинаторной оптимизации либо как задача минимизации некой функции потерь. Исследование окрестностей цепей в решетке подмножеств объектов позволило получить ряд критериев ранговой оптимизации, перспективных для решения задач прогнозирования числовых таргетных переменных. Формализм апробирован на задаче взаимодействия лиганд–рецептор в рамках хемокиномного анализа лекарств (данные {ProteomicsDB}). Наилучшие результаты прогнозирования констант EC$_{50}$ наблюдались именно при использовании полученных ранговых критериев: при усреднении по 300 биологическим активностям коэффициент корреляции на контроле составил $0{,}86\pm0{,}20$.
Ключевые слова:топологический анализ данных, теория решеток, задачи оптимизации, регрессия, хемоинформатика.
Работа выполнена при поддержке гранта РНФ (проект № 23-21-00154) с использованием инфраструктуры Центра коллективного пользования «Высокопроизводительные вычисления и большие данные» (ЦКП «Информатика») ФИЦ ИУ РАН (г. Москва).
Поступила в редакцию: 05.10.2022
Реферативные базы данных:
Тип публикации:
Статья
Образец цитирования:
И. Ю. Торшин, “О задачах оптимизации, возникающих при применении топологического анализа данных к поиску алгоритмов прогнозирования с фиксированными корректорами”, Информ. и её примен., 17:2 (2023), 2–10
\RBibitem{Tor23}
\by И.~Ю.~Торшин
\paper О задачах оптимизации, возникающих при применении топологического анализа данных к поиску алгоритмов прогнозирования с фиксированными корректорами
\jour Информ. и её примен.
\yr 2023
\vol 17
\issue 2
\pages 2--10
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/ia838}
\crossref{https://doi.org/10.14357/19922264230201}
\edn{https://elibrary.ru/IGSPEW}
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/ia838
https://www.mathnet.ru/rus/ia/v17/i2/p2
Эта публикация цитируется в следующих 8 статьяx:
P. A. Galenko-Yaroshevsky, I. Yu. Torshin, A. N. Gromov, O. A. Gromova, R. A. Murashko, A. V. Zelenskaya, L. O. Alukhanyan, O. V. Shelemekh, “Chemoreactomic analysis of acyzole in comparison with zinc derivatives of non-steroidal anti-inflammatory drugs”, Farmakoèkonomika, 2024
И. Ю. Торшин, “О порождении синтетических признаков на основе опорных цепей и произвольных метрик в рамках топологического подхода к анализу данных. Часть 1. Включение в формализм эмпирических функций расстояния”, Информ. и её примен., 18:1 (2024), 71–77
P. A. Galenko-Yaroshevsky, I. Yu. Torshin, A. N. Gromov, O. A. Gromova, K. F. Suzdalev, R. A. Murashko, A. V. Zelenskaya, A. V. Zadorozhniy, T. R. Glechyan, G. V. Simavonyan, E. M.I. Muhammad, “Differential chemoproteomic analysis of RRS-1 candidate molecule and molecules of several nonsteroidal anti-inflammatory drugs”, Farmakoèkonomika, 2024
И. Ю. Торшин, “О порождении синтетических признаков на основе опорных цепей и произвольных метрик в рамках топологического подхода к анализу данных. Часть 2. Экспериментальная апробация на задачах фармакоинформатики”, Информ. и её примен., 18:2 (2024), 47–53
I. Yu. Torshin, O. A. Gromova, L. A. Mayorova, A. N. Gromov, “Biosensors for measuring nitric oxide NO levels in biosubstrates: a systematic analysis”, Farmakoèkonomika, 2024
P. A. Galenko-Yaroshevsky, A. V. Sergeeva, I. Yu. Torshin, A. N. Gromov, I. A. Reyer, O. A. Gromova, B. A. Trofimov, L. N. Parshina, R. A. Murashko, A. V. Zadorozhniy, A. V. Zelenskaya, S. N. Sergeev, Yu. V. Tovkach, O. N. Gulevskaya, I. V. Sholl, “Chemoreactome prediction of anti-inflammatory, analgesic, ulcerogenic effects of the candidate molecule N-allylimidazole zinc in comparison with zinc derivatives of non-steroidal anti-inflammatory drugs”, Farmakoèkonomika, 2024
И. Ю. Торшин, “О формировании множеств прецедентов на основе таблиц разнородных признаковых описаний методами топологической теории анализа данных”, Информ. и её примен., 17:3 (2023), 2–7
I. Yu. Torshin, M. V. Filimonova, O. A. Gromova, L. A. Maiorova, M. A. Sorokina, D. E. Frolova, A. N. Gromov, I. A. Reyer, “Chemoreactome screening of aquacobalamin and heptamethyl ester of cyanoaquacobyrinic acid cytotoxic effects on tumor cells with experimental confirmation on BT-474 and A549 cell lines”, Farmakoèkonomika, 2023