Компьютерные исследования и моделирование
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Компьютерные исследования и моделирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Компьютерные исследования и моделирование, 2020, том 12, выпуск 4, страницы 845–864
DOI: https://doi.org/10.20537/2076-7633-2020-12-4-845-864
(Mi crm821)
 

АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ЖИВЫХ СИСТЕМ

Применение упрощенного неявного метода Эйлера для решения задач электрофизиологии

А. А. Карпаевa, Р. Р. Алиевab

a Московский физико-технический институт (государственный университет), Россия, 141700, г. Долгопрудный, Институтский пер., д. 9
b Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Россия, 142290, г. Пущино, ул. Институтская, д. 3
Список литературы:
Аннотация: Рассматривается упрощенный неявный метод Эйлера как альтернатива явному методу Эйлера, являющемуся наиболее распространенным в области численного решения уравнений, описывающих электрическую активность нервных клеток и кардиоцитов. Многие модели электрофизиологии имеют высокую степень жесткости, так как описывают динамику процессов с существенно разными характерными временами: миллисекундная деполяризации предшествует значительно более медленной гиперполяризации при формировании потенциала действия в электровозбудимых клетках. Оценка степени жесткости в работе проводится по формуле, не требующей вычисления собственных значений матрицы Якоби системы ОДУ. Эффективность численных методов сравнивается на примере типичных представителей из классов детальных и концептуальных моделей возбудимых клеток: модели Ходжкина–Хаксли для нейронов и Алиева–Панфилова для кардиоцитов. Сравнение эффективности численных методов проведено с использованием распространенных в биомедицинских задачах видов норм. Исследовано влияние степени жесткости моделей на величину ускорения при использовании упрощенного неявного метода: выигрыш во времени при высокой степени жесткости зафиксирован только для модели Ходжкина–Хаксли. Обсуждаются целесообразность применения простых методов и методов высоких порядков точности для решения задач электрофизиологии, а также устойчивость методов. Обсуждение позволяет прояснить вопрос о причинах отказа от использования высокоточных методов в пользу простых при проведении практических расчетов. На примере модели Ходжкина–Хаксли с различными степенями жесткости вычислены производные решения высших порядков и обнаружены их значительные максимальные абсолютные значения. Последние входят в формулы констант аппроксимации и, следовательно, нивелируют малость множителя, зависящего от порядка точности. Этот факт не позволяет считать погрешности численного метода малыми. Проведенный на качественном уровне анализ устойчивости явного метода Эйлера позволяет оценить вид функции параметров модели для описания границы области устойчивости. Описание границы области устойчивости, как правило, используется при априорном принятии решения о выборе величины шага численного интегрирования.
Ключевые слова: электрофизиология, детальные модели, концептуальные модели, жесткие системы, численные методы.
Финансовая поддержка Номер гранта
Национальный исследовательский университет "Высшая школа экономики" RAEP 5-100
Работа выполнена при частичной финансовой поддержке проекта RAEP 5-100 в лаборатории физиологии человека Московского физико-технического института (государственного университета).
Поступила в редакцию: 06.01.2020
Исправленный вариант: 18.04.2020
Принята в печать: 01.06.2020
Тип публикации: Статья
УДК: 519.622.2
Образец цитирования: А. А. Карпаев, Р. Р. Алиев, “Применение упрощенного неявного метода Эйлера для решения задач электрофизиологии”, Компьютерные исследования и моделирование, 12:4 (2020), 845–864
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{KarAli20}
\by А.~А.~Карпаев, Р.~Р.~Алиев
\paper Применение упрощенного неявного метода Эйлера для решения задач электрофизиологии
\jour Компьютерные исследования и моделирование
\yr 2020
\vol 12
\issue 4
\pages 845--864
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/crm821}
\crossref{https://doi.org/10.20537/2076-7633-2020-12-4-845-864}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/crm821
  • https://www.mathnet.ru/rus/crm/v12/i4/p845
  • Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Компьютерные исследования и моделирование
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:127
    PDF полного текста:43
    Список литературы:20
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024