Компьютерные исследования и моделирование
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Компьютерные исследования и моделирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Компьютерные исследования и моделирование, 2018, том 10, выпуск 6, страницы 867–878
DOI: https://doi.org/10.20537/2076-7633-2018-10-6-867-878
(Mi crm690)
 

Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ЖИВЫХ СИСТЕМ

Профили вызванной суперспирализацией дестабилизации дуплекса ДНК (SIDD) для промоторов бактериофага T7

М. А. Орлов, С. Г. Камзолова, А. А. Рясик, Е. А. Зыкова, А. А. Сорокин

Институт биофизики клетки Российской академии наук, Россия, 142290, г. Пущино, ул. Институтская, д. 3
Список литературы:
Аннотация: Для функционирования регуляторных областей ДНК решающее значение имеет не нуклеотидная последовательность (генетический текст), а их физико-химические и структурные свойства. Именно они обеспечивают кодирование ДНК-белковых взаимодействий, лежащих в основе различных процессов регуляции. Среди таких свойств SIDD (Stress-Induced Duplex Destabilization) — характеристика, описывающая склонность участка дуплекса ДНК к плавлению при заданном уровне суперспирализации. Ранее для данного параметра дуплекса показана роль в функционировании областей регуляции различного типа. В данной работе модель SIDD использована для получения профилей вероятности плавления последовательностей промоторов бактериофага T7. Данный геном характеризуется малым размером (примерно 40 тыс. пар нуклеотидов) и временной организацией экспрессии генов: на первом этапе инфекции ранняя область Т7-ДНК транскрибируется РНК-полимеразой бактерии-хозяина, на более поздних этапах жизненного цикла фагоспецифичная РНК-полимераза последовательно производит транскрипцию областей генов II класса и III класса. При этом механизмы дифференциального узнавания промоторов разных групп ферментом-полимеразой не могут быть основаны исключительно на их нуклеотидной последовательности, в частности в связи с тем, что она очень близка для большинства таких промоторов. В то же время полученные профили SIDD данных промоторов сильно различаются и могут быть разделены на характерные группы, соответствующие функциональным классам промоторов Т7-ДНК. Так, все промоторы ранней области находятся в области влияния одного максимально дестабилизированного участка дуплекса ДНК, соответствующего различным областям конкретных промоторов. Промоторы класса II лишены значительно дестабилизированных областей вблизи точки старта транскрипции. Напротив, промоторы III класса имеют характерные пики профилей вероятности плавления, в каждом случае локализованные в ближней downstream-области. Таким образом, установлены значительные различия профилей для промоторных областей при очень близкой нуклеотидной последовательности (промоторы II и III классов отличаются единичными заменами нуклеотидов), что подтверждает высокую чувствительность рассматриваемого свойства дуплекса к первичной структуре, а также необходимость рассмотрения широкого генетического контекста. Описанные различия профилей вероятности плавления на основе модели SIDD наряду с другими физическими свойствами могут определять дифференциальное узнавание промоторов разных классов РНК-полимеразами.
Ключевые слова: бактериофаг T7, промотор, РНК-полимераза, физика ДНК, вызванная суперспирализацией дестабилизация дуплекса ДНК.
Поступила в редакцию: 08.01.2018
Исправленный вариант: 21.05.2018
Принята в печать: 21.09.2018
Тип публикации: Статья
УДК: 577.214
Образец цитирования: М. А. Орлов, С. Г. Камзолова, А. А. Рясик, Е. А. Зыкова, А. А. Сорокин, “Профили вызванной суперспирализацией дестабилизации дуплекса ДНК (SIDD) для промоторов бактериофага T7”, Компьютерные исследования и моделирование, 10:6 (2018), 867–878
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{OrlKamRya18}
\by М.~А.~Орлов, С.~Г.~Камзолова, А.~А.~Рясик, Е.~А.~Зыкова, А.~А.~Сорокин
\paper Профили вызванной суперспирализацией дестабилизации дуплекса ДНК (SIDD) для промоторов бактериофага T7
\jour Компьютерные исследования и моделирование
\yr 2018
\vol 10
\issue 6
\pages 867--878
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/crm690}
\crossref{https://doi.org/10.20537/2076-7633-2018-10-6-867-878}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/crm690
  • https://www.mathnet.ru/rus/crm/v10/i6/p867
  • Эта публикация цитируется в следующих 1 статьяx:
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Компьютерные исследования и моделирование
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:172
    PDF полного текста:52
    Список литературы:19
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024