|
АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ЖИВЫХ СИСТЕМ
Моделирование конформационного перехода в фотосинтетическом реакционном центре бактерии Rb. sphaeroides
П. А. Мамонов, П. М. Красильников, П. П. Нокс, А. Б. Рубин Биологический факультет МГУ им. М. В. Ломоносова, кафедра биофизики, 119991, Москва, Ленинские горы, д. 1, корп. 12
Аннотация:
Методом квантово-химического моделирования исследован возможный конформационный переход в локальном окружении первичного хинона в фотосинтетическом реакционном центре (РЦ) бактерии Rhodobacter sphaeroides, сопровождающий процесс переноса электрона. Исходя из представления о наличии двух устойчивых конформационных состояний РЦ, предложена кинетическая модель, хорошо описывающая экспериментальные температурные зависимости скорости реакции рекомбинации $\mathrm{P}^+\mathrm{Q}_A^- \to \mathrm{PQ}_A$. Результаты квантово-химического моделирования сайта связывания первичного хинона позволяют предложить на роль указанного конформационного изменения небольшое смещение кольца убихинона, приводящее к разрыву водородной связи, образуемой 4-C=O группой убихинона с гистидином $\mathrm{M}^{219}$, и образованию новой водородной связи с гидроксильной группой треонина $\mathrm{M}^{222}$. Значения параметров модели, полученные с помощью квантово-химических расчетов, качественно согласуются со значениями параметров кинетической модели, используемых для описания реакции рекомбинации.
Ключевые слова:
Rhodobacter sphaeroides, фотосинтетический центр, конформационный переход, реакция рекомбинации.
Поступила в редакцию: 22.04.2009 Исправленный вариант: 01.07.2009
Образец цитирования:
П. А. Мамонов, П. М. Красильников, П. П. Нокс, А. Б. Рубин, “Моделирование конформационного перехода в фотосинтетическом реакционном центре бактерии Rb. sphaeroides”, Компьютерные исследования и моделирование, 1:4 (2009), 437–448
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/crm659 https://www.mathnet.ru/rus/crm/v1/i4/p437
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 122 | PDF полного текста: | 31 | Список литературы: | 31 |
|