Компьютерные исследования и моделирование
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Компьютерные исследования и моделирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Компьютерные исследования и моделирование, 2013, том 5, выпуск 3, страницы 443–450
DOI: https://doi.org/10.20537/2076-7633-2013-5-3-443-450
(Mi crm408)
 

АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ЖИВЫХ СИСТЕМ

Система хранения профилей физических свойств ДНК на примере промоторов Escherichia coli

Е. А. Темлякова, Т. Р. Джелядин, С. Г. Камзолова, А. А. Сорокин

Институт биофизики клетки РАН, 142290, Московская область, г. Пущино, ул. Институтская, д. 3
Список литературы:
Аннотация: В данной работе нами представлена база данных, спроектированная для хранения профилей физических свойств вдоль двойной спирали ДНК, и продемонстрировано ее использование для хранения, поиска и анализа промоторных последовательностей E. coli. Отличительным свойством предложенной базы данных является то, что весь профиль хранится как единый объект, который с точки зрения СУБД полностью подобен строке или числу. Такие объекты СУБД может сравнивать друг с другом и осуществлять быструю выборку на основании индексов. В базу данных загружена информация о 1227 известных промоторах. Для каждого промотора сохранена нуклеотидная последовательность, а также вычислен и загружен в базу профиль электростатического потенциала промоторной ДНК. Кроме того, каждый промотор связан с генами, транскрипцию которых он регулирует, а также с записями о сайтах посадки транскрипционных факторов, влияющих на функционирование промотора. Организован доступ к базе данных через интернет; исходные коды доступны для скачивания, а содержимое базы данных может быть выслано авторами по запросу.
Ключевые слова: электростатический потенциал ДНК, базы данных, анализ сигналов.
Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 11-04-01436
Работа выполнена при поддержке гранта РФФИ 11-04-01436-a
Поступила в редакцию: 21.12.2012
Исправленный вариант: 25.06.2013
Тип публикации: Статья
УДК: 577.214:004
Образец цитирования: Е. А. Темлякова, Т. Р. Джелядин, С. Г. Камзолова, А. А. Сорокин, “Система хранения профилей физических свойств ДНК на примере промоторов Escherichia coli”, Компьютерные исследования и моделирование, 5:3 (2013), 443–450
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{TemDzhKam13}
\by Е.~А.~Темлякова, Т.~Р.~Джелядин, С.~Г.~Камзолова, А.~А.~Сорокин
\paper Система хранения профилей физических свойств ДНК на примере промоторов \textit{Escherichia coli}
\jour Компьютерные исследования и моделирование
\yr 2013
\vol 5
\issue 3
\pages 443--450
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/crm408}
\crossref{https://doi.org/10.20537/2076-7633-2013-5-3-443-450}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/crm408
  • https://www.mathnet.ru/rus/crm/v5/i3/p443
  • Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Компьютерные исследования и моделирование
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:70
    PDF полного текста:25
    Список литературы:23
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024