|
АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ЖИВЫХ СИСТЕМ
Система хранения профилей физических свойств ДНК на примере промоторов Escherichia coli
Е. А. Темлякова, Т. Р. Джелядин, С. Г. Камзолова, А. А. Сорокин Институт биофизики клетки РАН, 142290, Московская область, г. Пущино, ул. Институтская, д. 3
Аннотация:
В данной работе нами представлена база данных, спроектированная для хранения профилей физических свойств вдоль двойной спирали ДНК, и продемонстрировано ее использование для хранения, поиска и анализа промоторных последовательностей E. coli. Отличительным свойством предложенной базы данных является то, что весь профиль хранится как единый объект, который с точки зрения СУБД полностью подобен строке или числу. Такие объекты СУБД может сравнивать друг с другом и осуществлять быструю выборку на основании индексов. В базу данных загружена информация о 1227 известных промоторах. Для каждого промотора сохранена нуклеотидная последовательность, а также вычислен и загружен в базу профиль электростатического потенциала промоторной ДНК. Кроме того, каждый промотор связан с генами, транскрипцию которых он регулирует, а также с записями о сайтах посадки транскрипционных факторов, влияющих на функционирование промотора. Организован доступ к базе данных через интернет; исходные коды доступны для скачивания, а содержимое базы данных может быть выслано авторами по запросу.
Ключевые слова:
электростатический потенциал ДНК, базы данных, анализ сигналов.
Поступила в редакцию: 21.12.2012 Исправленный вариант: 25.06.2013
Образец цитирования:
Е. А. Темлякова, Т. Р. Джелядин, С. Г. Камзолова, А. А. Сорокин, “Система хранения профилей физических свойств ДНК на примере промоторов Escherichia coli”, Компьютерные исследования и моделирование, 5:3 (2013), 443–450
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/crm408 https://www.mathnet.ru/rus/crm/v5/i3/p443
|
|