|
Эта публикация цитируется в 14 научных статьях (всего в 14 статьях)
АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ЖИВЫХ СИСТЕМ
Моделирование белок-белковых взаимодействий с применением программного комплекса многочастичной броуновской динамики ProKSim
С. С. Хрущёв, А. М. Абатурова, А. Н. Дьяконова, Д. М. Устинин, Д. В. Зленко, В. А. Федоров, И. Б. Коваленко, Г. Ю. Ризниченко, А. Б. Рубин Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, Биологический факультет, кафедра биофизики, Россия, 119992, г. Москва, Ленинские горы, 1-12
Аннотация:
Белок-белковые взаимодействия являются основой большинства биологических процессов. Компьютерное моделирование динамики связывания белков дает важную информацию для понимания механизмов их функционирования. Разработана компьютерная программа ProKSim (Protein Kinetics Simulator), предназначенная для моделирования взаимодействия макромолекул методом многочастичной броуновской динамики с учетом дальнодействующих электростатических взаимодействий. Проведено исследование диффузионно-столкновительных комплексов для трех пар белков: ферредоксин и ферредоксин:НАДФ${^+}$-редуктаза, пластоцианин и цитохром $f$, барназа и барстар. Исследована роль электростатических взаимодействий во взаимной ориентации молекул белков при образовании диффузионно-столкновительных комплексов.
Ключевые слова:
многочастичная броуновская динамика, белок-белковые взаимодействия, механизмы молекулярного распознавания.
Поступила в редакцию: 05.12.2012 Исправленный вариант: 20.02.2013
Образец цитирования:
С. С. Хрущёв, А. М. Абатурова, А. Н. Дьяконова, Д. М. Устинин, Д. В. Зленко, В. А. Федоров, И. Б. Коваленко, Г. Ю. Ризниченко, А. Б. Рубин, “Моделирование белок-белковых взаимодействий с применением программного комплекса многочастичной броуновской динамики ProKSim”, Компьютерные исследования и моделирование, 5:1 (2013), 47–64
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/crm381 https://www.mathnet.ru/rus/crm/v5/i1/p47
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 274 | PDF полного текста: | 88 | Список литературы: | 27 |
|