|
АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ЖИВЫХ СИСТЕМ
Молекулярная модель образования комплекса ОСР с фикобилисомой
Д. В. Зленкоa, И. Н. Стадничукb, П. М. Красильниковa a Биологический факультет МГУ имени М.В. Ломоносова, Россия, 119991, г. Москва, Воробьёвы горы, 1/12
b Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН, Россия, 119071, г. Москва, Ленинский проспект, д. 33
Аннотация:
Построена молекулярная модель взаимодействия фикобилисомыс ОСР, белком-тушителем, регулирующим передачу энергии от фикобилисом к фотосистемам в пигментном аппарате цианобактерий. Полученная модель не требует нарушения известной по рентгеноструктурным данным пространственной структуры взаимодействующих белков, а также позволяет удовлетворительно описать процесс переноса энергии к ОСР от фикобилисомы. Методом MM-PBSAрассчитана свободная энергия образования комплекса. Показано, что свободная энергия имеет величину не более нескольких десятков кДж/моль, что хорошо согласуется с наблюдаемой в эксперименте небольшой устойчивостью комплекса. Показано, что удельная свободная энергия взаимодействия рассматриваемых в модели весьма гидрофильных белков друг с другом при-мерно в два раза превышает удельную энергию их взаимодействия с водой, что свидетельствует о высокой комплементарности контактирующих белковых поверхностей и является сильным аргументом в пользу предложенной модели.
Ключевые слова:
фикобилисома, комплексоообразование, молекулярное моделирование, свободная энергия.
Поступила в редакцию: 24.07.2014 Исправленный вариант: 18.08.2014
Образец цитирования:
Д. В. Зленко, И. Н. Стадничук, П. М. Красильников, “Молекулярная модель образования комплекса ОСР с фикобилисомой”, Компьютерные исследования и моделирование, 6:5 (2014), 761–774
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/crm357 https://www.mathnet.ru/rus/crm/v6/i5/p761
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 99 | PDF полного текста: | 47 | Список литературы: | 25 |
|