Компьютерные исследования и моделирование
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Компьютерные исследования и моделирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Компьютерные исследования и моделирование, 2023, том 15, выпуск 3, страницы 723–738
DOI: https://doi.org/10.20537/2076-7633-2023-15-3-723-738
(Mi crm1085)
 

Эта публикация цитируется в 2 научных статьях (всего в 2 статьях)

АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ЖИВЫХ СИСТЕМ

Анализ траекторий броуновской и молекулярной динамики для выявления механизмов белок-белковых взаимодействий

В. А. Федоров, С. С. Хрущёв, И. Б. Коваленко

Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, биологический факультет, кафедра биофизики, Россия, 119992, г. Москва, Ленинские горы, 1-12
Список литературы:
Аннотация: В работе предложен набор достаточно простых алгоритмов, который может быть применен для анализа широкого круга белок-белковых взаимодействий. В настоящей работе мы совместно используем методы броуновской и молекулярной динамики для описания процесса образования комплекса белков пластоцианина и цитохрома f высших растений. В диффузионно-столкновительном комплексе выявлено два кластера структур, переход между которыми возможен с сохранением положения центра масс молекул и сопровождается лишь поворотом пластоцианина на 134 градуса. Первый и второй кластеры структур столкновительных комплексов отличаются тем, что в первом кластере с положительно заряженной областью вблизи малого домена цитохрома f контактирует только «нижняя» область пластоцианина, в то время как во втором кластере — обе отрицательно заряженные области. «Верхняя» отрицательно заряженная область пластоцианина в первом кластере оказывается в контакте с аминокислотным остатком лизина K122. При образовании финального комплекса происходит поворот молекулы пластоцианина на 69 градусов вокруг оси, проходящей через обе области электростатического контакта. При этом повороте происходит вытеснение воды из областей, находящихся вблизи кофакторов молекул и сформированных гидрофобными аминокислотными остатками. Это приводит к появлению гидрофобных контактов, уменьшению расстояния между кофакторами до расстояния менее 1,5 нм и дальнейшей стабилизации комплекса в положении, пригодном для передачи электрона. Такие характеристики, как матрицы контактов, оси поворота при переходе между состояниями и графики изменения количества контактов в процессе моделирования, позволяют определить ключевые аминокислотные остатки, участвующие в формировании комплекса и выявить физико-химические механизмы, лежащие в основе этого процесса.
Ключевые слова: броуновская динамика, белок-белковые взаимодействия, кластерный анализ, матрица контактов аминокислотных остатков, пластоцианин, цитохром f.
Финансовая поддержка Номер гранта
Министерство образования и науки Российской Федерации МК-2931.2022.1.4
Работа выполнена при финансовой поддержке гранта Президента Российской Федерации для государственной поддержки молодых российских ученых – кандидатов наук МК-2931.2022.1.4.
Поступила в редакцию: 13.12.2022
Исправленный вариант: 28.03.2023
Принята в печать: 26.04.2023
Тип публикации: Статья
УДК: 577.322
Дополнительные материалы:
44_fedorov_supplementary_information.pdf (67.6 Kb)
Образец цитирования: В. А. Федоров, С. С. Хрущёв, И. Б. Коваленко, “Анализ траекторий броуновской и молекулярной динамики для выявления механизмов белок-белковых взаимодействий”, Компьютерные исследования и моделирование, 15:3 (2023), 723–738
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{FedKhrKov23}
\by В.~А.~Федоров, С.~С.~Хрущёв, И.~Б.~Коваленко
\paper Анализ траекторий броуновской и молекулярной динамики для выявления механизмов белок-белковых взаимодействий
\jour Компьютерные исследования и моделирование
\yr 2023
\vol 15
\issue 3
\pages 723--738
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/crm1085}
\crossref{https://doi.org/10.20537/2076-7633-2023-15-3-723-738}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/crm1085
  • https://www.mathnet.ru/rus/crm/v15/i3/p723
  • Эта публикация цитируется в следующих 2 статьяx:
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Компьютерные исследования и моделирование
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024