Cо времени своего образования в апреле 1923 года Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени Пастера является одним из ведущих институтов эпидемиологического профиля в России и занимает лидирующее положение в стране в исследованиях по этиологии, эпидемиологии, диагностике и профилактике актуальных инфекций – вирусных гепатитов, ВИЧ/СПИДа, туберкулеза, хеликобактерной инфекции, краснухи, дифтерии, эпидемического паротита, иерсиниозов, зооантропонозов и др. Продолжаются исследования в области вакцинологии (работы по созданию отечественной краснушной вакцины, вакцины против вирусного гепатита В, тривакцины «корь-паротит-краснуха»). За последние 10 лет создано более 20 современных тест-систем для диагностики и мониторинга инфекционных болезней. Активно ведутся работы по клиническим испытаниям новых средств профилактики и лечения инфекционных болезней, разрабатываются вопросы неспецифической профилактики острых респираторных заболеваний. Проводится большая работа по программе ликвидации полиомиелита в России в рамках Глобальной программы ВОЗ ликвидации этой инфекции в мире. Выполняются исследования по эпидемиологии заболеваний, относившихся ранее к неинфеккционной патологии (рак печени, врожденные аномалии и др.).

В 1993 г. наш институт был принят в качестве полноправного члена международной Ассоциации Пастеровских институтов мира и включен в международное партнерство с крупными международными научными центрами мира.