ОАО "НИИЭС" ведет свою историю с 1949 г., когда постановлением Совета Министров СССР в составе института «Гидропроект» был создан Научно-исследовательский сектор (НИС) с присвоением ему прав всесоюзного научно-исследовательского института. ОАО "НИИЭС" является одним из ведущих учреждений НПК РАО "ЕЭС России".

В 1991 г. НИС Гидропроекта был преобразован в Научно-исследовательский институт энергетических сооружений (НИИЭС), а в 1994 г. – в открытое акционерное общество "Научно-исследовательский институт энергетических сооружений" в составе ОАО РАО "ЕЭС России". В мае 2006 г. в соответствии со специальным Распоряжением Председателя Правительства РФ М. Фрадкова институт был включен в состав ОАО "ГидроОГК".

Приоритетными направлениями научной деятельности Общества являются научное обоснование проектирования, строительства и эксплуатации энергетических (в первую очередь гидроэнергетических) объектов, а также работы в области малой энергетики.