ИЕНиМ был создан приказом ректора университета от 1 августа 1998 года на базе физико-математического (основанного в 1944 году) и биолого-химического (1961) факультетов.

На момент образования в состав института вошли восемь кафедр (ботаники, зоологии и общей биологии, анатомии, физиологии человека и основ медицинских знаний, химии, математики и методики преподавания математики, физики и методики преподавания физики, философии и социологии, физической культуры и спорта). Подготовка студентов велась по педагогическим специальностям высшего профессионального образования: Математике, Физике, Химии, Биологии по очной форме обучения, и Биологии – по заочной форме обучения.

Послевузовское профессиональное образование производилось по специальностям: Физика твердого тела и Социология культуры, образования и науки.

В настоящее время осуществляется подготовка по 8 специальностям и 2 направлениям бакалавриата очной формы обучения и 2 специальностям заочной формы обучения.

• Хакасский государственный университет им. Н. Ф. Катанова