Главное управление информационных систем ФАПСИ отвечает за информационное и информационно-технологическое обеспечение органов государственной власти, включая и региональный уровень. Агентство, с одной стороны выполняет функции интегратора информационных ресурсов, а с другой - разработчика собственных аналитических материалов, подготавливаемых на основе оригинальных методик и моделей, образующих ядро информационно-аналитических систем (ИАС). На сегодняшний день специалисты ГУИС осуществляют информационную поддержку баз данных, создаваемых в региональных и ведомственных структурах управления, готовят по заказу государственных органов проблемные материалы (прогнозы, аналитические обзоры, ретроспективные справки), проводят контент-анализ материалов, публикуемых в центральных и местных СМИ, участвуют в формировании, сопровождении и предоставлении пользователям справочных, фактографических и проблемно-ориентированных баз и банков данных.