Лицей "Вторая школа" открылась в 1957 году, как обычная школа. Наш лицей носит название "Вторая школа", потому что его история напрямую связана со знаменитой в 60-х годах прошлого века московской физико-математической школой №2. Первый выпуск Средней школы №2 состоялся в 1958 году. По словам Владимира Федоровича Овчинникова, первого директора школы, в то время осенью и весной старшеклассники переносили на руках первоклассников ко входу в школу, иначе дети могли просто утонуть в грязи и лужах московской новостройки.

За последовавшие тридцать лет в школе №2 сменились восемь директоров, но, тем не менее, ее авторитет и репутация по-прежнему привлекали сильных учащихся и педагогов, среди которых за пять лет оказалось около сорока "соросовских" учителей. Такого количества обладателей соросовских грантов нет больше ни в одной столичной школе. Уровень преподавания физики и математики столь высок, что выпускники лицея, как и ранее школы №2, побеждают на олимпиадах, включая международные, и без труда поступают в такие вузы, как МГУ, Физтех, МИФИ, а среди выпускников прошлых лет есть уже не только профессора этих вузов, но и действительные члены Академии наук (например, А. Р. Хохлов)