Университет начал свою деятельность в 1997–1998 учебном году вслед за утверждением уполномоченных органов обеих стран Договора "Об учреждении в столице Кыргызстана — г. Бишкек Кыргызско-Турецкого Университета им. Манаса", подписанного 30.09.1995 года Правительствами Турецкой Республики и Кыргызской Республики в г. Измир. Университет проводит набор студентов из Кыргызстана исходя из результатов экзамена, который организовывается своим Центром набора и распределения студентов, студенты Турции набираются по результатам экзамена, проводимого Центром набора и распределения студентов Турецкой Республики, студенты других Тюркоязычных государств и народностей набираются по результатам экзамена, проводящегося также Центром набора и распределения студентов Турецкой Республики для Тюркоязычных государств. С начала 2000–2001 учебного года на 4-х факультетах, 2-х высших школах и 2-х институтах продолжает обучение 1369 студентов бакалавриата, 63 студента магистратуры и докторантуры.

Университет является юридическим лицом, имеющим также как и университеты Турции, научную автономию. Обучение в Университете является бесплатным, помимо этого студентам выдается стипендия, а также лучшим студентам выдается отдельная стипендия за академическую успеваемость. Учебными пособиями также обеспечивает Университет. Для студентов в студенческой столовой продается обед по льготным ценам. Функционируют студенческие общежития Университета. Языками обучения в Университете являются кыргызский и турецкий языки. Кроме того преподаются английский и русский языки.

Студенты факультетов и высших школ, срок обучения которых 4 года, получают дипломы инженера, менеджера, экономиста, финансиста, тюрколога, историка, переводчика-синхрониста, работника радио-ТВ, кино, журналиста, в 2-х годичной Высшей школе студенты будут обладать дипломами менеджера туризма и гостиничного дела, менеджера по питанию.