Институт создан Президиумом СО АН СССР 4 августа 1981 года в соответствии с Постановлением Государственного Комитета СССР по науке и технике от 18  мая 1981 года. Целью создания является проведение фундаментальных исследований в области наук о Земле.

По началу главное направление работ Института связывалось со строительством БАМ. Основным объектом был Удоканский рудный узел и в первую очередь богатейшее Удоканское месторождение меди. В соответствии с основными направлениями исследований: геолого-минералогическое, экономическо-географическое, горное и эколого-природоохранное подбирались кадры и формировалась структура Института. ЧИПР координировал работы по программе "Медные руды Удокана", входящей в суперпрограмму "Сибирь". За время работы этой программы в ЧИПРе и других институтах СО АН проведен огромный объем исследований, результаты которых к сожалению до сих пор недостаточно востребованы практиками.

Достаточно полно перечислить фундаментальные результаты, полученные сотрудниками ЧИПРа за время своей работы физически невозможно. Поэтому приведем только некоторые примеры:

1. Исследованы горно-геологические, экономико-географические и  эколого-природоохранные аспекты освоения удоканского промузла и даны соответствующие предложения.

2. Проведено петролого-минералогическое исследование Чинейского месторождения и предложена новая структурная модель расслоенных массивов.

3. На базе единой ранговой шкалы и четырех видов взаимосвязанных координатных систем заложены основы общей теории строения вещества Земли и предложен физико-химический принцип структурного анализа земной коры.

4. Исследован позднефанерозойский вулканизм Северного Забайкалья и составлена схема размещения его ареалов.

5. Разработана оригинальная модель генезиса рудоносных кварцевых жил, позволившая обосновать использование типоморфизма главных рудообразующих минералов при поиске и оценке рудных месторождений. На этой основе разработаны, изданы и внедрены в практику соответсвующие методики проведения геологоразведочных работ.

6. Исследованы факторы локализации и параметры формирования крупных и уникальных месторождений малоглубинной золото-серебряной формации.

7. Проведен комплекс физико-механических, физико-химических, минералого-геохимических, ландшафтных, геофизических и инженерно-геологических исследований в зоне криогенеза.

8. Изучены потоки рассеяния золота, платины и других рудных элементов в различных ландшафтах Забайкалья.

9. Регулярно в течение многих лет проводятся исследования содержаний токсичных (ртуть, мышьяк, кадмий, свинец и другие) и жизненно важных (йод, селен, фтор и другие) элементов в компонентах природных и техногенных систем Забайкалья, а также ряда других областей Сибири и Дальнего Востока.

10. Разработаны научные основы воспроизводства горных лесов Восточного Забайкалья.

11. Проведено комплексное исследование экологии лесных полос в Даурской степи.

12. Изучено биологическое разнообразие водных экосистем разных ландшафтно-климатических зон Восточного Забайкалья и Северо-Восточной Монголии и установлены особености круговорота вещества и энергии в озерных водоемах разноготрофического уровня, что закладывает теоретические основы оценки устойчивости экосистем в условиях антропогенной нагрузки.

13. Получены и обобщены данные о видовом составе и экологии планктонных простейших в 36 водоемах Забайкалья и Монголии.

14. На двух стационарах Института ведутся систематические многолетние исследования водных и наземных экосистем. Один из них получил в 1996 году статус Международной биологической станции.

Полученные в Институте фундаментальные результаты создали прочную основу для выполнения прикладных исследований.