Отдел математики организован в 1993 г. на базе лаборатории математики отдела информатики Института биологии Коми НЦ УрО РАН. 10 апреля 2017 года Отдел математики реорганизован в Физико-математический институт Коми НЦ УрО РАН. В структуру института входят лаборатория математики и телекоммуникаций, лаборатория теоретической и вычислительной физики и лаборатория экспериментальной физики. В институте работает 21 научный сотрудник, в том числе 7 докторов и 9 кандидатов наук.

Отдел сотрудничает с Институтом математики и механики УрО РАН (г. Екатеринбург), Санкт-Петербургским отделением Математического института РАН, Московским государственным университетом, Объединенным институтом ядерных исследований (г. Дубна). Сотрудники отдела активно участвуют в международных научных конференциях, проводят научно-исследовательские работы в ведущих центрах Англии, Германии, США и экспериментальные исследования наноструктурированных систем с использованием синхротронного излучения.

• Отдел математики ИММ Уральского отделения РАН