История центра начинается в 1991 г. когда Постановлением Совета Министров был образован Научно-исследовательский институт детской гематологии. Затем 19 августа 2005 г. распоряжением Правительства РФ №1256 на его базе был образован Федеральный научно-клинический центр детской гематологии, онкологии и иммунологии который впоследствии стал носить имя Дмитрия Рогачева (ФНКЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева).