В состав университета входят следующие институты

1. Аграрно-технологический институт;
2. Институт открытого образования;
3. Институт финно-угроведения.

1. Кафедра философии (Марийское региональное отделение Российского философского общества);
2. Кафедра педагогики;
3. Кафедра психологии.

1. Кафедра математического анализа и теории функций;
2. Кафедра прикладной математики и информатики;
3. Кафедра высшей математики;
4. Кафедра общей физики;
5. Кафедра квантовой статистики.

1. Кафедра растениеводства;
2. Кафедра зоотехнии;
3. Кафедра генетики и разведения сельскохозяйственных животных;
4. Кафедра механизации;
сельскохозяйственного производства;
5. Кафедра агрохимии и земледелия;
6. Кафедра технологии хранения и переработки продукции растениеводства;
7. Кафедра технологии переработки продукции животноводства и товароведения;
8. Кафедра защиты растений.

1. Кафедра общей химии;
2. Кафедра органической и биологической химии;
3. Кафедра ботаники, экологии и физиологии растений;
4. Кафедра зоологии и прикладной экологии;
5. Кафедра анатомии и физиологии человека и животных.

1. Кафедра всеобщей истории;
2. Кафедра отечественной истории;
3. Кафедра региональной истории;
4. Кафедра финно-угорских языков;
5. Кафедра марийского языка;
6. Кафедра марийской литературы;
7. Кафедра русского и общего языкознания;
8. Кафедра русской и зарубежной литературы.

1. Кафедра бухгалтерского учета, анализа и статистики;
2. Кафедра организации и управления в АПК;
3. Кафедра экономики АПК;
4. Кафедра экономической кибернетики;
5. Кафедра экономической теории;
6. Кафедра экономико-математических методов.

1. Кафедра электроснабжения;
2. Кафедра электромеханики и электроэнергетики.

1. Кафедра иностранных языков № 1;
2. Кафедра иностранных языков № 2;
3. Кафедра иностранных языков № 3.

1. Кафедра теории и истории государства и права;
2. Кафедра частного права России и зарубежных стран;
3. Кафедра публичного права России и зарубежных стран.

1. Кафедра культуры и искусств.

• Марийский государственный университет, электроэнергетический факультет
• Марийский государственный университет, физико-математический факультет