Институт под первоначальным названием "Всесоюзный научно-исследовательский нефтяной институт" (ВНИИ) был создан Распоряжением Совета Народных Комиссаров СССР за №4196 р от 26 февраля 1943 г. на базе Ленинградского нефтяного геолого-разведочного института (НГРИ) с местонахождением в г. Москве.

В 1953 г. во ВНИИ из Московского нефтяного института имени акад. И. М. Губкина было переведено проектно-исследовательское бюро по разработке нефтяных месторождений (ПИБ).

В этот же период были организованы филиалы ВНИИ в г. Небит-Даге (Туркмения) и г. Краснодаре, впоследствии ставшие самостоятельными институтами (также, как и Сахалинский филиал ВНИИ).

В 1953г. из ВНИИ выделился институт "ВНИИбурнефть". В этом же году произошло слияние ВНИИ и ВНИИгаза; в названии института вместо слова "нефтяной" появилось слово "нефтегазовый" при сохранении прежней аббревиатуры – ВНИИ. Однако в 1956 г. ВНИИгаз был восстановлен как самостоятельный институт.

В 1987 г. ВНИИ присвоено имя акад. А. П. Крылова – создателя научных основ разработки нефтяных месторождений, многие годы возглавлявшего институт.

Постановлением Правительства Российской Федерации от 15.02.92 г. Всесоюзный нефтегазовый научно-исследовательский институт имени акад. А. П. Крылова преобразован во Всероссийский нефтегазовый научно-исследовательский институт имени акад. А. П. Крылова.

Постановлением Правительства Российской Федерации от 06.07.94 г. институт преобразован в открытое акционерное общество (ОАО "ВНИИнефть" имени акад. А. П. Крылова)

Среди директоров института были выдающиеся ученые-нефтяники с мировым именем: академики АН СССР А. А. Трофимук и А. П. Крылов, член-корр. АН СССР М. Л. Сургучев, в нем работало 11 лауреатов Ленинской и 14 Государственной премий.

• Всесоюзный нефтегазовый научно-исследовательский институт имени академика А. П. Крылова