Институт создан 1 января 1975 года под названием Вычислительный центр Сибирского отделения АН СССР (ВЦК СО АН СССР). С 1991 года его возглавляет член-корреспондент РАН В. В. Шайдуров.

В 1997 г. Институт переименован в Институт вычислительного моделирования СО РАН (ИВМ СО РАН) и за ним закреплено научное направление "Методы математического моделирования и интеллектуальные информационные системы".

27 декабря 2004 года Институт отметил свое 30-летие.

• Сибирский федеральный университет

• Вычислительный центр СО РАН
• Вычислительный центр СО АН СССР