Академия имеет 6 выпускающих факультетов: судоводительский, факультет международного транспортного менежмента, судомеханический, электромеханический, радиотехнический и арктический.

Подготовка кадров для морского транспорта ведется в соответствии с Государственными образовательными стандартами, согласованными с требованиями Международной конвенции о подготовке и дипломировании моряков и несении вахты 78/95 (ПДМНВ 78/95) Международной морской организации (IMO).

Программы подготовки ГМА имеют официальное международное признание. В 1994 г. академия прошла аттестацию отдела образования и сертификации IMO, получив высокие оценки экспертной группы. Факультеты и отдельные обучающие курсы имеют аккредитацию Института Морских Инженеров (Лондон), Морской Администрации Норвегии, Гидрографического Бюро Международного Консультативного Совета FIG/IHB (Монако). В 1998 г. академия вступила в ассоциацию морских колледжей радио и электроники Великобритании и стран Содружества в качестве ассоциированного члена.

Академия — первое и единственное высшее учебное заведение в стране по подготовке инженеров для отечественных судов с атомными энергетическими установками; и по сей день — это единственный вуз, осуществляющий целевую подготовку специалистов для обслуживания Северного морского пути. К числу таких специалистов относятся не только комсостав атомных ледоколов, но и метеорологи, океанологи, гидрографы и радиоинженеры.

• Ленинградское высшее военно-инженерное строительное Краснознаменное училище им. А. Н. Комаровского
• Ленинградское высшее инженерное морское училище им. адмирала С. О. Макарова
• Ленинградское высшее военно-морское инженерное училище им. В. И. Ленина