Общая численность сотрудников института составляет 298 человек. Непосредственно в научных подразделениях занято 171 человек, в том числе 2 академика и 1 член-корреспондент Россельхозакадемии, 21 доктор и 75 кандидатов наук.

Научный потенциал сосредоточен в 5 отделах: физики, физико-химии и биофизики почв; светофизиологии растений и биопродуктивности агроэкосистем; агроклимата и физики атмосферы; математического моделирования и информационных систем; агрофизического приборостроения, а также в научном отделе Меньковской опытной станции. В состав института входит Специальное конструкторское бюро с экспериментальным производством.

Институт проводит исследования по базовой научно-технической программе Россельхозакадемии по заданиям Отделения земледелия. В качестве головного института по заданиям 09 "Агрофизика" и 14 "Методика опытного дела". В 3-х заданиях программы Отделения институт участвовал в качестве соисполнителя. Кроме того, институт проводил исследования по 26 хозяйственным договорам, 1 проекту РФФИ. По результатам исследований опубликовано: 2 монографии, 5 научно-тематических сборников, 46 сборников материалов конференций, 43 статьи, 24 тезисов докладов, в зарубежных изданиях — 17 статей. По петербургскому телевидению демонстрировались два документальных фильма по разработке концепции и аппаратно-программного обеспечения технологий точного земледелия.

Подготовка специалистов высшей квалификации осуществляется в докторантуре и аспирантуре по двум специальностям: агропочвоведение и агрофизика; математическое моделирование, численные методы и комплексы программ. В аспирантуре АФИ обучается 14 человек, в том числе 11 очно, 3 заочно. Соискателей учёной степени кандидата наук — 6 человек. В институте работает Диссертационный Совет по специальностям: почвоведение и агрофизика по техническим, биологическим, сельскохозяйственным наукам; математическое моделирование, численные методы и комплексы программ по техническим наукам.