Журнал "Фундаментальная и прикладная математика" основан в 1995 г. Центром новых информационных технологий Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова.

До 2003 г. в журнале существовали рубрики "Обзоры", "Статьи", "Краткие сообщения", "Математическое просвещение", "Математическая жизнь". Как правило, статьи выпуска не были объединены общей темой, хотя иногда выходили юбилейные или памятные выпуски, посвящённые выдающимся математикам. С 2003 г. все выпуски журнала стали тематическими.

До 2005 года журнал выходил 4 раза в год, в настоящее время периодичность выхода — 8 раз в год.

С 2003 г. журнал переводится на английский язык.