Лаборатория алгебраической геометрии и ее приложений была создана в ноябре 2010 г. после объявления победителей гранта Правительства Российской Федерации для государственной поддержки научных исследований, проводимых под руководством ведущих учёных в российских образовательных учреждениях высшего профессионального образования.
Научный руководитель лаборатории профессор Федор Алексеевич Богомолов (Нью-Йорк–Москва).