Распоряжением Правительства Российской Федерации от 23 ноября 2006 г. № 1616-р в результате присоединения в качестве структурных подразделений к государственному образовательному учреждению высшего профессионального образования "Ростовский государственный университет" государственных образовательных учреждений высшего профессионального образования
- "Ростовская государственная академия архитектуры и искусства",
- "Ростовский государственный педагогический университет",
- "Таганрогский государственный радиотехнический университет"
был образован Южный федеральный университет.

• Южно-Российский региональный центр информатизации
• Южный федеральный университет, Инженерно-техническая академия Институт компьютерных технологий и информационной безопасности
• Институт математики, механики и компьютерных наук им. И. И. Воровича, Южный федеральный университет
• Научно-исследовательский институт физической и органической химии Южного Федерального университета
• Институт радиотехнических систем и управления Южного федерального университета
• Региональный научно-образовательный математический центр Южного Федерального университета
• Научно-исследовательский институт робототехники и процессов управления Южного федерального университета
• Научно-исследовательский институт физики, Южный федеральный университет
• Ростовский государственный педагогический университет
• Научно-технический центр «Техноцентр» Южного федерального университета
• Научно-исследовательский институт многопроцессорных вычислительных систем им. А. В. Каляева Южного федерального университета
• Научно-исследовательский технологический центр нейротехнологий Южного федерального университета
• Филиал ЮФУ в Махачкале
• Южный федеральный университет, физический факультет
• Южный федеральный университет, Институт высоких технологий и пьезотехники
• Таганрогский технологический институт Южного федерального университета
• Международный исследовательский институт интеллектуальных материалов Южного федерального университета